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尹峰向来相信：对于已经发生的问题，最重要的不是后悔，而是要解决问题。得到林晓的报告后，尹峰想起了达斯马里纳斯家族和中国人的三代仇恨。从潘和五时代开始，西班牙达斯马里纳斯家族的两代人先后成为菲律宾总督，也先后死于中国人之手。这个第三代的达斯马里纳斯居然是在日本传教的耶稣会修道士，这是谁都没法预料的事。
如果真的是他偷走了燧发火枪，那么必定是有军营内的西洋人教官做内应的。而达斯马里纳斯作为神职人员，在教堂里可以方便地公开和那些西洋人联系；同时，传教士们是可以公开进入外籍雇佣军和外籍教官住所的，因为一些西洋雇佣军和军官在生病时，只相信西方的医术。当然，想进入军营宿舍区的传教士必须在监军部领取通行证。丢枪后进入过营区的确实有一名意大利的耶稣会见习修士，而当日值班的监军部军官是马尼拉回来的天主教徒，轻易就放过了这位见习修士，没有对他进行搜身检查。
他迅速让林晓派人查封了教堂，把所有在教堂工作的修道士统统抓起来审查。同时，曾瑞对于所有经常去教堂做礼拜、弥撒的西洋人军校教官也进行了人人过关的审查。
林晓动用了他当年当衙役时学到的刑讯手段，很快撬开了这名见习修士的嘴；确实是他，在丢枪的第二天，从葡萄牙炮兵教官罗安达的宿舍中，偷带出了被拆解成零件的燧发枪。而他之所以这么做，是受到了达斯马里纳斯修道士的宗教蛊惑和金钱引诱。
而罗安达确实是在教堂内被达斯马里纳斯说服，去为他偷取燧发枪的。整个偷枪计划是达斯马里纳斯策划的，而教官罗安达是为了钱被说服，耶稣会的意大利修士则是为了给教堂筹集资金。由于葡萄牙人在澳门的贸易情况近几年来越来越差，因此由澳门拨给耶稣会中国传教省的资金也越来越少，台湾主教巴拉达斯如果不是有李跃等中华公司的身为教徒的股东资助，根本没法维持传教会。
“平心而论，耶稣会的人不是为了自己赚钱而参与这次事件的，他们是为了给教堂筹集资金，而达斯马里纳斯答应由日本耶稣会提供他们一笔资金，因此……”
眼下在尹峰的书房内，李跃、尤文辉等人正在为耶稣会修士说情。
教堂被封后，一批汉人天主教徒自发来到中华公司总部门口请愿，东家和各级掌柜之中的教徒也来尹峰处为教会说情。
这并未使尹峰网开一面，而且使他立刻感觉到了教会势力的威胁。公司高层中很多人也不喜欢洋教势力，韩平韩京父子在马尼拉深受教会迫害，因此和鲁大海、新任董事黄逞、林晓、曾瑞等人一样认为应该严惩耶稣会势力。曾景山如果不是赶回马尼拉处理年底的土地拍卖大会事务去了，一点也会支持尹峰的举动。
说实话，明清之际很多中国天主教徒把传教士视作父母，甚至禁教时期一些信教的村寨立堡自卫，几乎成了宗教割据势力。天主教是个充满扩张性、排他性的宗教，尹峰受到后世传统政治教育的影响，从来对它无好感；在穿越后，他也是在传统儒家文化氛围中受影响，对天主教势力非常警惕。实际上当时西方各国的天主教教会势力，根本就是各国殖民政策的先头部队，确实不是什么好东西。明清之际的中国百姓缺乏国家认同，很容易被这种专一独断的宗教情绪所忽悠。
尹峰召开临时董事会，安和平和曾景山缺席，支持教会和反对教会的董事各缺一人。但是，反对天主教传教会存在的毕竟在董事会占了大多数。
到现在为止，尹峰的民主作风仅限于在董事会中，一般而言，出于对他的信任，还没出现过他的提议遭到反对的事。
现在，他提议封闭教堂，暂停各个传教会在台湾活动的提议有人反对了。李跃虽然不是教徒，但他的家里人都是教徒，所以他为教会出头反对禁教，他提出了另一个理由：“如果禁教，很多在技术学校上课的传教士就会离开，一些西洋工匠和教官也会离开，那么我们的损失就很大了。”
尹峰想了想说：“这是两回事，李大哥，教会方面私自联络倭寇，这就是违反了我们公司的规矩。教会犯了错就必须为此负责，耶稣会必须停止一切传教活动。教堂封闭后，那些外籍人员可以让传教士去自己家中做礼拜，反正，我不允许西洋人对中国人传教了。除非是中国籍的传教士，才可以为我国民众传教，而且，我公司可以给那些中国教士发薪水。今后，各个传教会只要能培养出中国籍教士担任神职人员，我就允许他们在台湾传教。当然，这些传教人员由我们公司组织管理。”
大家面面相觑，不理解尹峰的意思。尹峰得意地说：“我们这样就能培养出忠于我们公司的传教士，这叫做自办教会。”
……
中华公司只允许本国人传教的规定发布后，耶稣会中国教区震动极大，连远在北京的利玛窦都坐不住了。他如今居住在北京宣武门内顺城街的新建教堂内，这里就是有名的北京天主教南堂的前身，另一时空的清顺治七年（1650），汤若望在其旧址改建大堂，名“无玷始胎圣母堂”，后称南堂。
年老体衰的利玛窦多年来忙于和中国上层打交道，如今已经成功打入中国最高层。台湾禁教的消息并未传遍中国官场，这个荒僻的小地方传教也好禁教也好，基本不会损害影响什么官绅势力，因此，京师的官场完全无视了福建官府上奏的台湾禁教一事。这件事由两名在福州的耶稣会传教士上告到了福州巡抚衙门：要求巡抚出面调停开禁。
巡抚徐学聚正在忙于与下一任巡抚交接的事宜，懒得管这事，直接上告到了朝廷，一则为了推脱责任，二则是临走时让尹峰难过一下。
此时的朝廷中枢为争夺内阁首辅一事闹得不可开交，朝廷中央官在万历三十年以后，万历皇帝消极怠工，朝廷内外几成“空署”，以至于朝官二品班内，在本年只剩户部尚书一人。而地方郡守缺员几达一半。许多官员或以丁忧、或以年老、或以体弱多病，辞呈纷上却得不到批复，只好封印拜疏径自离职。如任首辅的李廷机先后上辞呈达120多次，最后仍只得不辞而别。因此，这种刚刚划入版图的偏僻地方的小事情，朝廷大员们根本不关心，所以被自动忽略了。
但是，利玛窦确实受到不小震动。因为天主教会在中国境内各地传教多年，只有在台湾算是成功的，在七、八万定居者中拥有教徒近两千，算是中国境内信徒最多的地方了。如果这个地方突然禁教，难保不会引起各地的连锁反应，对耶稣会传教事业打击就太大了。
利玛窦年事已高，只好派出即将回国的意大利传教士金尼阁顺道前往台湾一探究竟。
……
达斯马里纳斯在冬季来临之前，绕道对马海峡回到了日本。之所以要绕道黄海避开琉球航路，就是怕中华公司派人追杀。
仙台藩的船到达长崎后，达斯马里纳斯没有回鹿儿岛，径直去了江户，萨摩藩的岛津家家主正在江户觐见大将军。
本年是万历三十五年，日本的庆长十二年（1607），这一年的一月二十五日，德川幕府向全国的外样大名发布了承担骏府城工程的命令。按照《当代记》的记载，工程的大致内容是将原骏府城向南、东、北三个方向扩建。《当代记》说当时向畿内、丹波、备中、近江、伊势、美浓十个国的大名下达了工程的命令，但实际参与的大名远不止此数。甚至像萨摩这样的远藩也被征调，现今静冈市的西部有一条萨摩大道，以前道路上是名为“火屋土手”（别名“萨摩土手”）的长堤，就是当时萨摩藩的岛津忠恒用大坂城的残石筑成的，兼有防汛和防卫作用。
实际上这是德川幕府削弱外样大名的一种措施。名义上已经退休的德川家康坐镇骏府，对于那些有威胁的势力一向是毫不留情的，即使在关原之战后没有对岛津家做什么大的惩罚，但是之后还是在经济上大大地剥削了他们，德川家康通过在经济和领地上不同的削弱方式大大削弱了那些外样和不忠的藩主，不少藩因此而被大大地削弱了实力。有些大明就因为耽误修筑城池的工程而被改封或夺取封地。
岛津家为骏府扩建出了不少的人力物力财力，并不想就这样坐以待毙，一直在想如何弥补之前的损失，所以开始考虑吞并琉球国和台湾岛。
达斯马里纳斯修士出于与中华公司的世仇，以及为西班牙在菲律宾殖民地的失败报仇的想法，主动地提出为萨摩藩训练军队、装备武器。
岛津家也是考虑到了自己的地理优势，以及摸清了幕府的想法之后才大胆作出这样的决定的，只要幕府同意，岛津家就可以在琉球国、台湾挽回不少之前的损失，恢复他们大藩的实力。
日本在丰臣秀吉时代就想要使琉球屈服，占据琉球和明朝的贸易通道。德川家康也把眼光放到了明朝那里，他企图再次开启室町幕府前期中日之间繁盛的海上贸易之路，从而为江户幕府的经济发展注入一济强心针。虽然上次侵略朝鲜过后大明和日本已经议和，但明朝对于日本这个邻居是愈加的小心提防和疏远起来了。即使德川家康在议和之后表现的如何亲近明朝，也无法取得明朝的信任。德川家康的老练精明是出了名的，他自然不会学老年时期的丰臣秀吉和外国強硬起冲突。在经过多方面的努力都无法奏效之后。德川家康终于无奈的选择了武力控制琉球国，并打算在幕后控制其作为中日贸易的中介。虽然这看来是很容易成功的事情，但是同样也带有巨大的风险。如果大明朝也像上次援助朝鲜一样来帮助琉球国，那么德川家康刚刚建立的幕府将再次陷入混乱之中，中日再次开战，日本必将再次进入乱世。德川家康在思想艰熬了许久之后，终于下定决心，放手一博。
但是到底派谁去攻打比较合适呢？这时萨摩藩的藩主岛津忠恒毛遂自荐前来请缨，德川家康在权衡了利弊后终于同意了岛津忠恒的请求。德川家康想的是：如果成功了幕府的经济将得以壮大，对于巩固幕府日后的封建统治是绝对有利的。如果失败了，损失的也只是萨摩藩的人马，万一明朝前来责难，也可以把罪责通通推卸到萨摩藩的身上。而萨摩藩的藩主岛津忠恒想的却是：自从经历丰臣氏，再进入江户时代后，萨摩藩一直受到大领主的剥削和压迫，原本强大的岛津家，已经不复存在了。如果不找机会捞回点什么，那么以后的日子就更难过了。
岛津忠恒虽然想靠西班牙传教士武装自己的部队，但也不敢做得太引人注目。因此，他只在晚间偷偷地召见了达斯马里纳斯修士，而且还得让修士从自己住所的后院小门进入。
岛津忠恒，幼名“米菊丸”。幼时喜好武艺，其武名在14岁时随父亲出战朝鲜时就开始流传。因为其兄岛津久保在侵略朝鲜的文禄之役中战死，成为了岛津氏的指定继承人。在中日朝鲜之战中，他与父亲岛津义弘以伏击击败了明朝名将李如松所率领的3000辽东铁骑，以此闻名日本。
1599年，杀害了家老伊集阮忠栋及其儿子伊集院忠真。接着又镇压了在国内树起反旗的忠栋一族，表现出英毅果敢的优秀素质。后来因为了将军德川秀吉的名字有忌讳，后来改名为家久。在1602年关原之战后，继父亲义弘出任萨摩藩大名职位，但是在1619年义弘死后才完全得到实权。
他上一次上京拜偈德川家康，拜领了家康所赐“家”字和松平姓氏，改名为岛津（松平）家久。此次觐见第二代大将军，最重要的目的，是他的吞并琉球台湾的计划能够得到幕府批准。