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北风从西伯利亚吹来，到了菲律宾群岛时，整个吕宋进入了旱季。马尼拉城内已经有中国居民五万，其中有些是并非定居移民的来做生意的商贩。马尼拉城到处可见说着各地口音的中国人，还有不少他加禄土著、葡萄牙人、荷兰人、英国人、法国人，还有日本人、安南人等等。虽然西班牙人的“大帆船贸易”已经中断，马尼拉作为中国产品运往美洲、欧洲的中转中心的地位已经结束，但是本地距离南洋各地较近，而且大批中国商人的到来，还是在马尼拉形成了中国产品和西洋货的交易场所。
名不正言不顺的“吕宋镇守府”俨然已成了政府，对全吕宋地区实行着有效的统治和管理。曾棋毕竟有着几十年行政经验，加上尹峰的中华公司提供的一整套中央统筹管理的经验，还有三千名护卫队战士和两千半脱产的庄丁帮忙，已经能够在各地实施各种开发计划。
曾棋嫌吕宋的原有的番夷地名太难听难记，干脆地把吕宋岛划分为东西南北吕宋加马尼拉五个县，分派了县令等各级官员，开始在全吕宋丈量划分土地。大批的适宜农耕的土地被划归中华公司农业部，分给了护卫队作战有功的战士。
当然，公司推出代耕制度，护卫队员要为公司服役满二十年才能获得所有的土地，并传给后代。在他们退伍之前，这些土地都由公司设立的农庄代耕，耕作收益由获得土地的士兵个人和公司五五分成---分成的部分也不是立刻发到士兵手中，而是由公司安排每年一次发给其家庭。
退伍后或者因伤残废退伍的士兵可以立刻得到所分的二十亩土地，可以自己耕作，只要每年上缴公司——镇守府总收益二十分之一的税就行了-当然，他们有义务在危机时刻拿起武器为公司作战，他们的子弟也必须有一人参军。退伍兵们也可以让这些土地由公司派人管理耕作，他们可以坐收每年总收益的六成；当然，他们也可以抵押掉这些田产，把资金投入公司的商业贸易中去，公司对于士兵入股特别优惠，一般还会贴送一些股份给他们。这是中国历史前所未有的军人福利制度，台湾也已经开始实行这项军人福利制度，因此在中华公司治下，当护卫队士兵是福利最好的职业，打仗不但可以得到战利品分红，而且家庭生活有保障，没有后顾之忧。
千百年来，中国历代王朝移民实边的举动有过不少，但是缺乏统一计划和长远的经营管理，放任小农经济单打独斗。中华大地的西南、东南等地都是靠一代代分散的小农自发开发出来的。中华公司采用的是统一筹划、事先规划完全，有着雄厚资金保障，武装力量护驾，组织大批人力有针对性、计划性地投入，与伟大共和国时期的计划经济相仿佛。因此，在短期内的开发效果是很可观的；中华公司占据吕宋不到一年，已经有十处占地万亩的农庄开始生产出农作物。大批的甘蔗、玉米、稻米已经在公司仓库内堆积如山。
在护卫队在控制全吕宋过程中，占据了上百个土著人村寨，把不少土著人赶进山里，还使不少土著村寨签订同盟契约，允许华人移民进入和居住，以中国人传统的文化亲和力，以及特有的勤劳和活力，估计不出半个世纪这些土著村寨的居民，基本上都会被中国人同化。
组织开荒种地的过程中，尹峰特别规定，把来自不同地区的移民编为一组开发一个地方，以那些参加过护卫队、庄丁队的因伤退伍老兵为头目，彻底打破移民们原有的乡亲宗族关系，以削弱宗族势力。
经过一番划分后，吕宋岛上原有大批的西班牙殖民者的土地，除了公司占据了一部分，其中部分按照军功分地令分给了护卫队官兵；此外还有另外一些教会所属土地，以及从土著人手中抢来的土地，足足有几十万亩。这些土地不一定可以耕作，但是包括了矿场、林地、鱼塘、湖泊，在勤劳的中国人手中绝对能产生出效益来。
于是，中国历史上亘古未有的海外土地拍卖大会开场了。
实际上只有二十家商家参加拍卖，大多数是粤闽浙沿海的大富商。当时资金实力最雄厚的经营淮盐的徽商，只有歙县的一家商人派了伙计前来考察，并未参与拍卖。与徽商相仿，那些热心和官吏勾结，极力在官场中踏入一只脚的晋商、赣商等内地商帮，只有极少数商家参与了海外土地拍卖。那些商家还是把目光放在官商勾结上，全部注意力都在内地市场，对回报率、利润率超高的海外市场没有兴趣。
最近几年闽商四处出击，占据了不少内地市场，尤其是海外奢侈品、西洋货物、自鸣钟等商品几乎被中华公司垄断。虽然闽商崛起很快，但是以两淮盐商为首的内地各大商帮还是在老一套的路子上走：官商结合，亦官亦商，为成为官府的附庸而努力。
虽然海外土地拍卖多少显得有点冷清，但是还是有近五十万亩吕宋各岛的土地被拍卖出去，中华公司虽然只收回了几十万两卖地的款子，但是因此把沿海各大富商捆在了自己的战车上。今后无论是西班牙人还是荷兰人，凡是想染指吕宋的，都会成为中国东南沿海商民的公敌。
1607年，以吕宋易主为标志，西太平洋的历史新时代开始了。
这一年年底，中华公司在国内保持低调，反税监事件过去后，主动给税使衙门送了一笔“压惊钱”，年底青黄不接的时候，闽西山区白莲教造反，邪教叛乱席卷闽西十多各县，巡抚陈性学不得不全副心思去镇压白莲教起义，顾不上追查杀死税监的凶手了，也完全把台湾的事抛在了脑后。
因此，尹峰返回台湾后，向南洋各地发出指令。中华公司在这一年年底和1608年的一整年，在婆罗洲（加里曼丹）各地占据了二十多处金矿产区，当地的二十多个马来人小王国根本无法抵抗中华联合公司和中国海盗的武力。
金矿产区主要在西婆罗洲三吧、南吧哇、万那等地。中华公司在占据菲律宾之前就已经派了大批伪装为海盗的水军在此区域活动，麦小六曾经在西婆罗洲沿海建立了一处据点，就以南崖州为名。
1607年初，大批中国海盗离开西婆罗洲北上参加攻打菲律宾的战事。荷兰人趁虚而入，但是，红毛洋人在这一带被土著居民打得晕头转向，荷兰人的人数也太少，所以很快被赶走了。当中国海盗由菲律宾回来时，队伍已经更加庞大，尹峰让一部分水军转归麦小六统辖，中国人再次向南洋各地进军。这一次不再以海盗为掩护，名正言顺打出了中华联合公司的蓝底中字旗。
这一次参加到南下船队中的中华公司人员，有不少是闽粤交界处的客家人，他们善於舆外国人打交道，那些疍民为主的水手也天然地善于交际，中华公司的武装力量在婆罗洲西部的活动基本没什么阻碍。由于本地土著和中国商人已经来往了近千年了，普遍对中国人有好感，因此对待中国人的态度完全不同于荷兰人。那些酋长、土邦贵族都很欢迎他们的到来，甚至极力邀请他们到自己的领地。之所以这样，不仅仅是千年来中国人在此地的良好形象，这些土著也是看到了中华公司带来的战船、士兵与大炮，把中国人当做了武力强大的保护者，同时，也是把他们看成一种可使自己的土邦富庶的有利因素。
当时的中国人虽然有着传统文化的优越感，但是中国文化传统向来没有种族歧视观念，沿海一带的老百姓传统上也善于与任何种族的人民相处。中华公司的开发人员在南崖州上岸后，一直可以深入到婆罗洲内地猎头族地区。中国移民可以和猎头族戴雅克人和睦相处，很多中国单身汉立刻和当地土著妇女联姻，各地的酋长和人民还很高兴，因为这样的联姻可以给当地村寨带来稳定的贸易往来，也就是大笔的贸易收入。
闽南地区的中国移民也跟着中华公司的开发队进入了婆罗洲。他们比较擅长农业，而且他们开垦的田地都是原先马来人绝对不会去种庄稼的土地，沙砾地、沼泽地、林地等等，中国农民就是奇迹般地能够在这些土地上种出庄稼来，而且收成远远超过那些土邦土著。也正因为这些土地原本就是荒废的无主之地，因此中国移民和当地土著也没有什么土地纠纷，一般都能和睦相处。
当然，也会有土邦土著不太聪明，有一次某土著小邦国的酋长出于各种贪欲或者仅仅是排外情绪，威胁触犯到了中华公司金矿勘察人员的生命安全。