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西历公元1609年5月3日，星期天，农历三月三十日晚间，毫无纪律可言的倭寇浪人袭击了城西犹太人聚居区，无差别地攻击了码头以东的荷兰人、葡萄牙人、英国人的商馆，还随便袭击了土著人的聚居区，一伙倭寇还攻击了刚刚开张的台湾教堂，打伤了三名耶稣会传教士，杀死一名中国籍的实习修士。
倭寇浪人除了杀人放火抢劫之外，还对台湾岛上比较稀有的女性发起的进攻，无论什么国籍的都不放过，这导致他们立刻成了全台湾岛居民的公敌
在城中部巡检司城附近，一些游荡了半个城区的浪人和岛津家的武士们会合了，也参加了对公司总部的进攻。巡检司城寨仅仅是初具规模，大门都还未建成，在倭寇浪人的突袭下，第一时间就失去了防御作用。不过，建好了的城墙是没有携带攻城器具的倭寇浪人无法逾越的，所以倭寇的队伍全都得通过巡检司城南大门，然后攻击中华公司总部。
尹峰往城北没跑多久，就遇到了李星带领第三团团直属部队，共计150名火枪手。
同时，尹峰全力扶植的王牌部队骑兵第一营派出的骑兵也在路上和他们遭遇。
那批西班牙安达卢西亚马到达台湾后，鲁大海回了一趟山东老家，招来了一些响马伙伴，再加上一些选拔出来的护卫队步兵战士，组成了100人左右的骑兵，在几名葡萄牙、西班牙雇佣兵的带领下进行骑兵训练。虽然才100多名骑兵，但是尹峰希望这是自己的骑兵部队的雏形，因此给了个营的名头。听到大炮示警和看到烟花火箭报警后，几名外籍骑兵教官认为既然敌人直接袭击了台湾港城，那么他们自己在城内的家也可能受到损害，因此非常积极地组织人员出击。
尹峰把葡萄牙骑兵教官找了过来，厉声说道：“在狭窄的城区内，加上是黑暗的夜晚，骑兵进城只能添乱！罗安达教官阁下，你迅速带领你的骑兵部队去城东新港社等地，那边已经发生土著叛乱，你必须利用骑兵的速度，迅速赶到现场平息叛乱！记住，凡是反抗者格杀勿论！”
尹峰留下几名骑兵，让他们作为自己的传令兵，分别向魍港水军老营、麦德的第二团在大肚番国的驻地、特种营驻地派出信使，让他们迅速回援台湾港。
骑兵离开后，第三团直属队已经列队完毕，尹峰和李星押着阵脚，160多人在台湾港城南北向的大街上排列成16排、每排10人，大步向南前进。
一路上零散逃难的台湾城居民不断出现在队伍周围，零星倭寇浪人也常常会从小街小巷内窜出来，结果被第三团的战士们一律格杀。
中华公司护卫队的编制和体制、军官士官体系发挥了其超前的作用，在码头、公司总部、各哨卡被打散的护卫队员们，在附近的最高阶军官指挥下，就地自发地组织成战斗队形，发挥集体作战的能力，很快在局部地方扭转了不利局势。
尹峰和李星带着的步兵到了与公司总部仅仅一街相隔的“乐山楼”酒楼附近，在大队步兵的四周已经聚集起了两百多号人，包括了码头和各个哨卡被打散的护卫队士兵、居住在城内的休假士兵、水手、工场工人等。包括几名外籍雇佣兵在内，他们拿着杂七杂八的武器，跟着尹峰的大队向前冲。
这时，在山口直友和桦山有纪等人指挥下，原本稀稀拉拉的倭寇也开始进行有组织的阻击。
倭寇们的铁砲-火绳枪由于要点着慢燃火绳才能发射，因此在漆黑的夜晚就会成为活靶，因此倭寇们此时都用弓箭作为远射武器。他们占据了巡检司城墙和附近的居民房屋顶，居高临下对准举着火把聚拢过来的中国人射击。一时之间，尹峰的人马被压制在了街角巷尾的屋檐墙角下。
跟随着大队步兵行动的水手、护卫队战士们自发组织起来，搭起人梯上了房顶和墙头，用燧发火枪和各种武器攻击倭寇。
而公司总部方向，火焰正在升腾，火光明亮。倭寇屡次攻击总部大门失败，开始在周围放火，打算用火攻。
船主巷尹峰的家也在起火的方向。尹峰看着仅仅一街之隔的地方已经火光沸腾，心里焦急如焚。刚刚从兵器研究部赶来的林跃和十几名亲卫围在他身旁，也是十分焦急地看着那火光。亲卫们的家也在船主巷附近。
李星组织自己的团部直属队发起了三次进攻，都因为天黑和倭寇弓箭火力猛烈而被打退。在近距离交战、复杂地形、天色黑暗的环境下，这时候他们手中的燧发火枪并无优势可言。燧发枪发射时的巨大枪口焰几乎是在为敌人指明方向，倭寇浪人却可以在黑暗中悄无声息地放箭。
这个时候，港口前方海域上，三艘仙台藩帆船在南北炮台的交叉轰击下，已经全部被击沉，只有水性较好的100多名仙台藩武士游水到了码头。留在码头区的百余名幕吏山口直友的家臣、卫队拼死抵挡着护卫队北炮台守军的攻击。在击沉仙台藩闯关的帆船后，北炮台把炮火转移到了码头区，北炮台守将认为码头区反正已经被倭寇占领了，就毫无顾忌地对着整个码头位置狂轰。炮弹一颗颗地落在了倭寇头上，将多名武士打成肉酱。但是这些倭寇武士凭借码头上的货物堆、纵横交错的仓库库房，以及横七竖八的各种运货平板车、马车形成的复杂地形，极力贴近护卫队战士进行肉搏战。
尹峰在这种僵持的局面中，最终冷静想下来。想来小日本在战略上喜好赌博的习惯是历史上就存在的，后世的突袭珍珠港等战略赌博行为，是倭寇的本性使然。尹峰给自己来了一记耳光；自己确实轻敌了，完全没料到倭寇的偷袭。不过，现在不是后悔和自责的时候，他抓住林跃，大声命令道：“速去兵器研究部，把他们正在试验的轰天炮搬过来！要快！快！”
林跃等人飞奔而去，尹峰又抓住正在手舞足蹈指挥攻击的李星道：“你的炮兵营在哪里？”
整编后的护卫队步兵，每个团都有一个在专业炮兵营，人数在300到500之间，拥有30到50门轻型野战炮。
李星小小吃了一惊：“船主，炮兵营在老营驻防。这里是城区啊，把大炮拉上来，那可就……”
“放着这帮倭寇杀人放火，台湾城就会被他们全毁了！快，让炮兵营带上十门大炮进城！”
两门改进试验中的轰天炮首先就位，几发炮弹以曲线方式落在了巡检司城寨的城墙上，炸开了一团团炙热的火团，飞溅出的铁砂、铁片放倒了埋伏在城墙上的大片倭寇浪人。然后，上了刺刀的护卫队员在后方屋顶各处自己人的掩护下，呼啸着冲出，一举夺占了巡检司城寨大门。随后开来的炮兵营用一阵急速射击，把成片的民房和墙壁击毁夷为平地。
被压制在了屋檐墙角下护卫队战士、水手、工人、庄丁一齐站起身，奋勇前进。
公司总部前院已经被无数手雷炸得成为了废墟，目光所及之处尸横遍地，瓦砾遍地。
公司安全部的十多名特工和护卫队驻防总部的最后几十名战士遍体凌伤，以最后的一点体力堵在前院后面的走廊上，使用刺刀、枪托甚至石块，和最后一批拼死突入院中的倭寇纠缠在一齐。
船主巷烈火熊熊，火焰翻飞，十几步外就能感到炙热。尹峰带着林跃等人浑身浴血杀到这里，不由地呆住了。
从城寨大门到这里，到处都是短兵相接的肉搏，狂怒的中国人没有放过一个倭寇浪人，无论是否抵抗一略被砍杀。尹峰自从开始海外冒险以来，大多数时候都是用火枪在远距离射杀敌人，今夜第一次在肉搏中刺杀了一名五短身材的浪人。
反应迅速的中华军在凌晨时分掌握了局势。
从城北军营、军校调来的步兵，魍港水军派出的战舰和水手火枪队，东边新港社派来的土著辅助兵、庄丁队，工厂区派出的步兵纷纷进入城区，扫荡着那些毫无组织纪律可言的倭寇浪人。犹太人聚居区、黑人住宅区、各国商馆的守卫人员也自发组织起来就地清剿倭寇。
骑兵营一路上所向无敌，在庄丁队和友好土著协助下，在第二天早上就平定了新港社部分土著的叛乱。
北炮台的步兵在魍港水军舰队支援下，最终夺回了码头区，把倭寇的商船统统付之一炬，切断了倭寇浪人们的海上退路。
被卑鄙的偷袭彻底激怒了的尹峰在消灭了进攻公司总部的倭寇后，发布了命令：“所有倭寇统统就地处死，不接受他们投降！”
台湾港遭到偷袭的第二天早晨，南炮台的守军在庄丁队和友好的土著帮助下，打败了日本人，冲进了日本町。
林晓认为命令中提到的是指“所有倭寇”，日本町的日本人当然也是在这个范围之内的。因此他放手对日本町进行了大屠杀，居住在日本町的倭人无论男女老幼统统被杀，无一幸存。