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倭寇偷袭之夜的第二天，一直到了中午时分，林晓才“处理”好了南岸日本人。
从晚上开始一直杀到中午，连同塔加里扬社反叛的土著，安平港、打狗港一带尸横遍野，烟火张天。中华公司护卫队和新港社土著盟友在到处搜杀反叛者和倭人，中华公司的西拉雅平埔族盟友不断从各地赶来，参加痛打落水狗的战斗。在日本町被烧杀一空之后，塔加里扬社被中华公司的护卫队和土著盟军包围地水泄不通，眼瞅着就将被灭族了。
林晓留下南炮台守军主力继续搜杀，自己带了五十人赶往北岸。
整个台湾港城眼下有七万常住居民，还有五六万流动人口。这一次浩劫简直像是十场台风同时登陆一般，整个城市一片狼藉。
一直到中午，还有一批大约100多名倭寇浪人困守在港口附近的妈祖庙内，用火器、弓箭、刀矛坚持抵抗。
另外，还有一股浪人在夜晚的混乱中突破到了西海岸附近，在西炮台的轰击下往东北方向溃退。
林晓在混乱不堪的码头登陆时，从魍港调来几十艘战船正在港口水面上巡逻，北炮台正在向妈祖庙开炮。一队炮兵吃力地推着炮车，赶着牛拉的辎重车；辆，正在通过码头区向妈祖庙方向前进。
林晓发现炮兵们在台湾的三月天脱光了衣物依旧浑身大汗，可见是急匆匆赶来的部队。忽然从炮兵队伍中跳出一人，五短身材、结实的肩膀上扛着一颗大脑袋，正式第三团团长李星。他惊喜地叫着林晓：“光泽老兄，听说你把日本町扫平了？干得不错啊！”
李星是原海盗帮的成员，和林晓也算老相识了。林晓不禁好奇地问：“你这是咋回事，怎么当起炮兵了？”
李星脸色一黯，叹口气道：“船主让我在今天天黑之前，把台湾城所有倭寇全部清理掉，否则我就得去庄丁队干活了。船主大人正在发火，你快去劝劝吧。”他摇摇头，转身欲走，林晓一把扯住他焦急地问：“把话说清楚，到底出什么事了？”
“是大夫人……”
林晓一激灵，放开了手。
“大夫人在昨晚受了伤，现在早产了……”
林晓吓得倒抽一口凉气，什么话也没说，抛下李星一路小跑赶回了公司总部。
晚间的战乱中，浪人们肆无忌惮地闯进任何一间屋子抢劫，然后杀人放火，实施典型的“三光政策”。好在，在尹峰坚持下，台湾港以北的城区全是按照统一规划建设起来的，有着严格的棋盘状街道，随之配套的排水系统，房屋全部是统一式样的砖瓦木梁结构，都有着高屋大檩的防火墙，相邻房屋院落之间保持着三到五尺的间距，所以火势并未蔓延开来，通常就是把起火点的房屋给烧毁了而已。
城区内过火的建筑物七零八落，东一幢西一间的；各种金银细软满街都是，通常，抢劫者的尸体就在这些财物附近。还有不少尸体还没有被收拾，就那样一具具地堆在路边，林晓带着人在财物和尸堆间穿行着，大家伙越看越恼火。
接近公司总部的街区是毁坏最严重的。从倭寇用火药桶炸开巡检司城寨大门开始，这一块地方爆炸声就一直未停过，在黎明时分最后战斗中，尹峰下令用轰天炮的开花弹、野战炮的实心铁弹直接轰击城墙和周围的居民房，结果上百名倭寇浪人和碎砖断瓦一齐变成了垃圾，到现在还埋在一齐没有清理出来。公司总部以南的很大一块区域不但挨了炮轰，还被倭寇放火，现在几乎已经被夷为平地、成为一片瓦砾堆了。
以什为单位的护卫队步兵正在废墟堆上搜检巡逻，偶尔给那些半死不活的倭寇补刀。
战况最激烈的巡检司城寨大门理所当然的变成了废墟，林晓在穿过这片废墟时，有步兵兄弟认出了林晓，向他敬礼，然后上前小声说道：“七哥，快去看看船主吧，听说大夫人快不行了……”
说话的是林晓的一个远房堂弟，刚刚从崖州来台湾投奔他。林晓严厉地眼神逼视着这个自家兄弟，厉声说道：“不要乱说话，执行自己的任务！”
他带着人来到已经荡然无存的公司总部大门时，曾棋、曾柯、韩平、韩京、鲁石头等人正匆忙地从公司总部前院走来。
“曾老爷……”林晓不敢怠慢，向曾棋拱手施礼。曾棋在韩京搀扶下上前一步，脸色苍白、眼神空洞无物般看着前方，叹了一口气道：“光泽，去劝劝峰儿吧。我去找大夫，哎……”
林晓心一沉，赶紧点点头。
当晚，倭寇突入巡检司城寨时，尹峰家有三个女人在家，麦婉儿因为回崖州老家接父亲来台湾，躲过了这一劫。其中，有两个孕妇正在内宅；大夫人曾倩正在教人写字，她的学生就是同样也身怀六甲的陈衷纪的平埔族妻子-西兰。爆炸声吓坏了两人，她俩一时间根本就不知道发生了什么事，完全束手无措。西院的李丽华总算经历过马尼拉大屠杀，在巴里安市场区亲身经历了西班牙人的大炮轰击，反攻马尼拉时亲眼目睹了上万人的火器会战。所以她反应很快，立刻冲进曾倩房内，让两个孕妇迅速到后院书房，准备通过暗道躲进公司总部去。但是，一部分倭寇明显是有意针对尹峰家而来，在她们三个女人刚刚来到院子里的时候，十多名浪人挥舞着倭刀已经翻墙而入了。
尹峰家的亲卫拼死抵抗，但是事出突然，他们拔出燧发手枪只开了一枪，就统统被倭寇砍倒了。
多亏了马加罗的黑人卫队及时赶来，在内宅门口堵住了倭寇。忠心耿耿的黑人们有的连武器都来不及拿就赶来了，拼着血肉之躯死死挡住了内宅大门。虽然倭寇一时之间被挡住了，但是女人们却也无法走出院门去书房了，也就没法通过暗道撤离了。结果，在倭寇开始放火之后，曾倩在烟熏火燎之中晕倒了，倒塌的屋梁还砸中了她的肩膀……
在被马加罗救出火海时，曾倩开始了一阵阵痉挛，下身血水横流……
“轰轰轰！”港口妈祖庙方向传来阵阵炮声，看来李星的炮队开始轰击妈祖庙了，那里的倭寇覆灭也就在眼前了。
中华公司总部的后院有尹峰的办公室和书房，林晓刚刚迈步进入后院，就听见尹峰在大喊：“怎么回事！为什么还没有清剿干净？你们是怎么回事？逃往虎尾陇社的倭寇什么时候能够消灭？”
林晓看见水军总管麦大海、第二团团长麦德、直属炮营营长李魁奇等人都在尹峰面前低头不语。一名安全部人员把一份统计报告递给林晓，林晓一看竟是此次战乱造成的损失初步统计报告：码头区物资损失不可计数，各国商船幸好无恙；仓库过火面积不多，财物损失几十万两银子左右；公司总部及城区物资损失尚无法统计；人员损失包括外籍人员在内，初步统计有1200多人被杀，2000多人受伤；其中大多数是商船水手、渔民、工匠、苦力劳工、商贩等人，外国商人也有十余人被杀。
尹峰在院子里急促地来回走着，背着手黑着脸，身上的衣物还沾满血迹。他从来没有这样烦躁，火气也是大得很。
他又在问林跃：“泉州的张证张大夫怎么还没来？”
林跃脸上还带着昨晚的硝烟，抬起头支吾着说：“韩家父子已经去请他了……不过，他不是妇科的大夫……”
“稳婆呢！该死的卢稳婆呢？我给她那么多钱，……”
林跃木讷地说：“那个卢稳婆昨晚被倭寇放火烧死了，还有西门张家的稳婆逃难时手受了伤，没法子接生了……”
尹峰顿时暴跳如雷：“放屁！偌大个台湾港，难道就只这两个接生婆？快去给我找！”
林跃叹了一口气，举左手横在前胸，行了个军礼，转身就走。林晓冲他挥挥手，让他快点离开，自己不由地叹了一口气。台湾城本来就男多女少，生孩子的女人更加少，接生婆这个职业也就没什么赚头。卢稳婆是年前曾家从泉州城高薪请来台湾的，就是专门为了曾倩准备的。她就住在尹峰家隔壁，昨晚丧生与倭寇点燃的大火之中了。
书房内响起一阵尖叫，尹峰冲到门口，却失去了进去的勇气，身子一晃，不得不抬手扶住门框。门帘掀开，李丽华被烟火熏黑了的脸出现了，虽然看不出脸色，但是眼神异常的慌乱。
“峰哥，夫人，夫人要你进去……”李丽华颤抖着声音说。
……
夜幕降临的时候，妈祖庙被大炮轰平了，100多名倭寇浪人全部战死。李星带着人冲进这片废墟时，意外地发现有一名西洋人混迹在一群倭寇矮子中间，而且还活着。这人就是达斯马里纳斯修道士，他成了妈祖庙里唯一活下来的人。
在魍港东北方向，骑兵营追上了早晨逃跑的那伙倭寇。他们已经突破虎尾陇社土著人的阻截，企图向北逃到大肚番国的土地上去。麦德的第二团正在回援台湾港，正好和这伙倭寇迎面遇上，配合着骑兵堵住了他们的去路；同时，魍港水军派出的水手火枪队也由西面包抄过来。绝望了的倭寇浪人有的就地剖腹自杀，有的抛弃一切四散奔逃，还有的孤注一掷，向追杀者扑去……
经过一夜的围追堵截，第三天的早晨，最后一名参加了偷袭台湾港行动的倭寇被中国骑兵的高头大马踩成了肉酱。
这里的意外是骑兵抓住了一名给倭寇带路的汉人向导。这名浙江籍皮货商专门与日本商人做生意，和桦山有纪关系不错，对中华公司的皮货专卖政策不满，因此早就在帮助倭寇了，带路去尹峰家的就是他。
经过对他的审问，这次袭击背后隐藏的内幕渐渐浮出水面。幕吏山口直友在尹峰用开花炮弹猛轰巡检司城时被炸死了，而桦山有纪就在向大肚番国逃亡的这队倭寇之中。他在晚间被公司护卫队用刺刀扎死在一片芦苇丛中。
参加偷袭的1000多名倭寇在三天内全部被杀死，连带着日本町的日本移民500余人也被屠杀干净。到了偷袭台湾港后的第三天晚间，整个台湾岛上，已经没有一名日本人还活着了。