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后来，孙武被迫向政委和军事法庭多达九次的书面说明和辩护，才免于被追究责任。
这确实是新军历史上罕见的屠杀事件，比镇压别洛戈尔镇的俄国叛乱者的事件更大些，因为这次杀的是自己人，对孙武的庭外审判多次质询，暴露出，中国新军的高层，对于镇压土匪的目标，手段等方面，还有些严重的分歧，尽管分歧是正常的事情。
政委后来在得知这一消息时的态度是，一定要稳妥地处理内部矛盾，最好是打击一小批，说服一大批，把武力镇压和耐心的政治思想工作结合起来，那是中国人民解放战争中形成的优良传统之一，绝对不应该丢弃这些传家宝。
孙武个人没有对此有多大的遗憾，在私下的场合，栗云龙也表示支持，说在关键时刻，就需要这种杀气！
统共被杀的土匪有三千一百三十九名，推到山涧旁，两名战士绑架着他的胳膊，前面一名战士拉住他的长辫子，执行的刀斧手抡起大刀狠狠地一压，两边的战士顺势一推，呼，尸体和脑袋一起滚进沟壑里，一个人就完了。这种最原始的方法，排成了好几队，一刻不停地进行，杀了一天才杀完。
这三千多人绝对不是小数目，因为那时东北大量的土地尚未开发，人口稀少，大县不过十万，有的县总共才三四万人。三千多土匪涉及的家属，牵连下来就是上万，甚至数万人，影响绝对很大。
因为是强制周围的民众来观看，土匪在杀之前都要向着数万百姓亮相，所以，也出现了一些特殊事情。
一名妇女恰好看见了她的男人，于是冲上来，大哭大喊，要求刀下留人，最后，跪在孙武的面前连连磕头，终于被允许带了她男人离开，条件是，要这土匪自扇三个耳光，向面前的群众磕一百个头谢罪。
受到她的启发，也有其他几个土匪家属冒着风险上来求情，也被法外开恩，降为重打四十军棍释放了。在重惩的基本原则下，孙武也讲了人情。
大黑顶山的剿匪战斗告一段落，孙武师团继续分兵南进，寻找新的祸害。不过，他们很快就发现，不用再剿了。
各地的土废都得到了大黑顶山中国新军以严厉手段对待土匪的故事，吓得那些土匪纷纷前来投降，半个月之内，先后有八大股土匪的头子，光着上身，背着荆棘前来投降认罪，还将部队进行收缩以后，接受新军的改编。
其实，人们都承认，大黑顶山的杀匪事件，其正面效果远大于负面，一个国家要想建立崭新的秩序，做老好人状是根本不可能的。必须用强悍的精神状态，凌厉的气势，毒辣的手段进行，正所谓：以霹雳手段，显菩萨心肠。
此次剿匪以后，孙武成为东北地区最有名的人物之一，和军长栗云龙一样有名，如果说栗云龙给人的印象是威武的话，孙武给老百姓和坊间的形象是，心狠手辣的魔王，人人都怕他。尤其是那些有过土匪经历的人家，提出孙武的名字前头都要带老，后面带爷字。
原来，中国新军计划，先清剿土匪，稳定了黑龙江省的秩序，然后再逐渐向南推移，在冬季里各个歼灭各地的土匪流氓地痞等黑恶势力，这样做，一方面扫清了日本侵入东北就开始的长期混乱局面，另一方面也是对军事的持续训练，时间确定为三个月，可是，在新军的清剿军还未到哈尔滨的时候，黑龙江的绝大多数土匪头子都表示了投降的意向，甚至连吉林方面的一些多年作威作福的家伙们也诚惶诚恐地跑来归顺。在黑龙江省的剿匪行动提前结束。
黑龙江省的秩序安定以后，栗云龙立刻率领部队向南继续进发。
从山海关进兵讨伐俄国侵略军开始，中国新军就一直处于紧张的对外战争中，即使在空隙时间，也都时刻紧绷着一根弦儿。注意力很少往国内转移过，现在，外患已经去了一大半，可以适当地将力量对准国内的黑恶势力了。
军部制定了了一个三个月扫灭全满洲武装土匪的计划，代号是白雪计划，意思是要东北地区象白雪一样清洁，美好，去掉所有的污浊事物。这是中国新军成立以来的第二个计划性的主动行动，以前，在辽宁的时候，有了一个“八一锄头”行动计划，结果，扫灭了俄国在那一带的精锐主力，栗云龙把国内的武装土匪也看成是一大祸害，加以关注和解决。
边前进灭匪，一面进行军事的重新布置，军部改名称为军团部，号称中国新军第一军团，意思是以后随着军队的扩充，还将有更多的部队，北边沿黑龙江的部队已经确定为第一军，则剿匪的部队逐渐改编，确定为第二军，军长为孙武，白强和曹福田为副军长，三人还兼任本职。龙飞的骑兵师团等抽调出一部分兵力，组成了第三军，军长是龙飞，副军长是马鸿溪，荣美尔，同时，荣美尔还兼任着特战部队司令的名号。在武器方面，将炮兵师团和骑兵师团逐渐拆分，步兵，骑兵，炮兵逐渐均匀地分布在各师团中，因为部队规模扩大以后，协调发展和战斗的联合规模更大，统一指挥的困难也增多了。还是降低指挥级别，实现小规模的多兵种合作为好。
一个多月的时间里，这些改编都只停留在文件里，最后的实施需要一个复杂的过程，不过，新军毕竟以鲜明的姿态向外界宣告了，它是一个正在茁壮成长的军队，而且，丝毫不受任何外界军事政治力量的控制，影响。它将按照自己的意愿，发展得更加强大。
到这年的隆冬，新军的第三波剿匪行动推广到了辽东半岛，新编第四旅的旅长张作霖统率步骑兵逼近了金州郊外三十里的一片海岸线，将围困的数百名海匪歼灭，俘获一百多人，那是中国新军剿匪斗争胜利的最后标志。
留守在哈尔滨一带的各师团人马，按照军团部的统一命令，向各主管上级报到。恢复作为一个正式部队编制的部分。到了春节前夕，中国新军终于完成了整编，同时，因为奉天欧阳参谋长的兵工厂的研制和批量生产非常成功，大量的新式装备，在当时世界上还是最先进的武器，源源不断地到了部队手中。基本上，部队都装备了冲锋枪，手榴弹等也成为制式武器，每人达到五十枚的标准。大炮和炮弹也充足供应。
满洲地方警备部队也进一步整顿了，战斗力也得到了加强。
在军事实力急剧增长的同时，美中不足的是，经济方面遭遇了一些困难，外交的谈判也不顺利，更加令人不安的是，日本方面有了新的动向。