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上回说到，台湾舰、福建舰已逼近日本舰队。这两艘两万吨级的巨舰，看西京丸舰就如同大象看蚂蚁。
距离八公里时，台湾舰率先开炮，十门305毫米主炮，对准前列的五个目标发起炮击。距离偏远，但也命中两发，由于使用燃烧弹，日舰甲板燃起熊熊大火，如此的距离还有这种命中率，使得日方水手士气大减。
距离七公里，双方开始互射。福建舰台湾舰两舰的射速是日方的数倍之多，且装备诸多速射炮，日舰的优势被全面压制。无畏级动力十足、铁甲厚实，并不畏惧日方九艘战舰。
两舰新兵受到老兵的鼓舞，纷纷发扬勇猛顽强的战斗精神，轻伤不下火线，弹片划过脑袋，捆上绷带继续战斗。胳膊被严重烧伤的，用剩下的一只手继续操纵炮机。
双方缠斗近一个小时，重伤日舰四艘，要么动力受损、要么进水严重，无奈挂起无法战斗的信号旗。抚顺舰、长春舰此时再次回到战场，被日军了望哨察觉，东乡平八郎无奈只得让受了重伤的各舰奋力掩护，尚有行动能力的军舰立即撤出战斗。
东乡平八郎率领五艘军舰终于摆脱台湾水师的围攻，到了琉球，未做停留便命令全速退往日本本土。这位在清日战争中受到韩林极大创伤的英雄人物再次受到严重打击。
琉球缺乏有效的岸防武器，根本挡不住台湾水师的全力追击。这次退往日本，再也不出来惹韩林了，以后谁爱来谁来，反正自己不来了。
正当东乡平八郎忧心忡忡之际，台湾水师并未追击，只是留下台湾舰对不愿投降的日军各舰展开人道主义毁灭。其余四舰接到命令，立即赶往台南，展开对南洋水师的反击。
原来就在基隆外海，中日双方刚刚接触之时，东乡平八郎就电台通知南洋水师可以行动了。南洋水师停泊的军舰，趁着基隆出港的两艘军舰尚未抵达之际，褪去炮衣，向高雄发起炮击。
高雄的台湾陆军军营顿时被炸成一片火海，两千陆军一时间竟无法组织起有效防御力量。高雄岸防炮台当即发起反击，无奈登岛清兵此时卸下伪装，攻击高雄县衙，打开牢房，释放被捕的数百名打架斗殴的清军，武装起来就劫掠县城，四处放火。
炮台守军眼见城内火起，后路被断，自己又被数十艘军舰围攻，自知不敌，守将带头逃跑。南洋水师陆战队趁势攻占炮台，用炮台的储备弹药向高雄港内的商船、军舰展开攻击。
刘铭传得知消息后大怒，自己在前方抵御外辱，后方却被自己人把家偷了。士可忍孰不可忍！半路中的两艘军舰和澎湖驻守军舰被命令立刻增援，基隆港附近的022导弹艇也被命令不再限制出战，发现就全力攻击。
基隆附近的一个师被紧急用铁路运输至台南，这等奇耻大辱，简直让刘铭传以后在林军系统里没法混，半日之内收复不了高雄，这台湾巡抚也没脸在做下去了。
南洋水师占领高雄后，连俘虏都没有空去抓，直奔高雄府库，劫掠两百万块龙洋，民间富商劫掠近一百万，商船上只劫掠价值比较高的珠宝、瓷器、药材，更有甚者抓去不少女子。
近代清兵虽然军纪一向废弛，但水师大多受西方军事培训，战斗力和军纪还是有保证的，即使投降落水等事，也多按照西方礼节予以人道主义待遇。
此次劫掠民女确是犯了众怒，消息传到韩林这里。韩林十分罕见地措辞严厉地痛斥刘铭传、唐景崧，责令全国通电检讨。
军机处会议上，韩林将南洋水师攻击台湾高雄一事拿出来，要求严厉惩治南洋水师带队长官。朝廷向受兵祸家庭予以补偿。
奕匡道：“台湾已割让日本，如今大清赔偿台湾就是赔偿日本。难道林郡王也成了日本人的狗了？开始替日本人说话了？”
韩林骂道：“台湾人民奋力抗击日军入侵，大清水师却偷袭后方，这种无耻之事传出去才是丢人丢到家，内战内行，外战外行。这就是庆亲王竭尽全力要保护的南洋水师？”
奕匡道：“如今证据匮乏，岂能道听途说，就惩治大将！起码要派专人去台湾认真考察取证，朝廷到时自有公断。”
韩林道：“等你派人过去，恐怕早就将赃物销赃，犯人遣散了，我台湾人民要吃这个哑巴亏吗？”
奕匡道：“你怎么老是操外国的心？这台湾不早就割让了嘛！”
韩林道：“祖宗之地，半寸也不能予人。你满人无能，丢了台湾，台湾人自己抗争，就算不帮忙，也不能落井下石吧？如此与禽兽何异？”
奕匡道：“林郡王如果想管，那就尽管自己处理好了？只是国库空虚，还请不要打户部的主意。”
韩林道：“放心！凶手自会伏法，到时候找到某些人内外勾结、吃里扒外的证据，我可不会手软！”
出了军机处，韩林表回府，命令南海舰队徐长顺封锁广东海域，南洋舰队的军舰有一艘抓一艘，但不能攻击广东基地，避免落下话柄。
台湾水师留下台湾舰、鞍山舰、长春舰、抚顺舰，022导弹艇两艘，分成两批一南一北巡视支援。其他所有军舰进入南海，巡视各国，搜查南洋水师踪迹。
台湾陆军经刘铭传、唐景崧分析，招收了大量战斗力不足的流民，极速扩编混入不少清兵绿营和蛮勇十足但缺乏素养的土着所致。斩杀丢弃阵地而逃的守备将军，组织能力不行的本土师长也被撤换。
江苏支援大量有文化的学生兵和军事院校出身的军官，另外，台湾扩大军事学院的规模，自主培养军官士官。此后招兵要注重比例。裁撤大量战斗素养低、旧军队思想僵化的士兵。开始向标准的林军部队看齐。
经过半个多月的搜寻，终于在苏禄王国东边发现南洋水师的踪迹。台湾水师迅速向此地靠拢，因为此地是西班牙殖民地，水师将领特意向刘铭传发电报问讯，是否要注意国际影响。
刘铭传回电道：“我们只管军事问题，外交问题自有王爷来处理，拿不下南洋水师就提头来见！”