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此时在日本东京一座小别墅里，代号Bourbon的黑衣组织成员安室透正坐在一部台式电脑前，非常仔细地用新安装的GPS全球卫星定位搜索软件在搜索着什么，但是似乎没有太大收获。
“神秘的岛屿，奇迹岛……”安室透用右手托着额头，旋即又拿起面前的几本图书资料翻了翻，但依然是一无所获，他不禁陷入了深深地思考中，“奇怪啊，为什么在地图上能找到的奇迹岛，却无法用GPS软件准确定位呢？”
正在这时，房间的门铃响了，安室透警惕地看了一眼房间门，却用很随意地语气问道，“请问是哪位？”
“是我，CokeGirl，MrBourbon!”门外传来了一个活泼欢快的声音。
（作者解释：Coke，是美国英语口语对可口可乐的泛称。）
安室透的表情立刻放松下来，他起身开门，只见站在门外的是一个黑色卷发，十四五岁的少女，少女调皮地吐了吐舌头，“透哥，今天学校放假，Sharon说你在这里，我就过来看看，你别生气啊。”
“我怎么会生气呢？”安室透的脸上还是一贯温和的微笑，他从冰箱里拿了一瓶可口可乐递给黑色卷发的少女。
正在这时，安室透的电脑桌上一个白色的像词典般大小的电子设备发出了刺耳的尖叫，把两人都吓了一跳。
安室透立刻起身按停了那个电子设备，然后拿起那个电子设备递给黑色卷发的少女，“真纯，你来的正好，组织新配备的这个电子地图，我还不是很会用，你能帮我定位一下这个发信器的具体位置吗？”
“组织这个新设备的配置确实有待提高。”叫真纯的少女接过电子设备研究着，“不过透哥，如果不会用电子地图的话，你完全可以把它接到电脑上用GPS软件来定位。还是你的电脑前些天被黑客攻击，现在不敢用了？”
安室透叹了口气，“前些天的黑客攻击确实让我重新考虑我常用的电脑系统的安全性，在给电脑安装上可靠的防火墙之前，我还是先不要把太重要的东西放到电脑上吧。而且现在我觉得电脑软件也存在一些漏洞，刚在我用GPS软件找了半天，也没有找到一个小岛的位置，问题究竟出在哪里呢？”
“Don’torry.Justapieceofcake!（别担心，这只是个小问题而已。）”看到安室透苦恼的样子，真纯试图安慰他，“当初在美国的时候，有一位我很尊敬的侦探对我说过，当你的思绪陷入瓶颈的时候，就去洗澡或者睡觉，把一切都忘掉！”
安室透苦笑了一下，“说的确实不错。可是现在还不到中午，没有洗澡的必要吧，再说，我刚刚起来没多久，现在也睡不着啊。”
“那我们来玩一个小游戏吧。”真纯说完从口袋里拿出三张纸放到安室透面前，一张是有关风景的照片，一张是杂乱的画了一些符号的信纸，一张是折叠成心型的信纸，“给你分钟，找出隐藏这三张纸里的密信！”
安室透瞟了三张纸一眼，轻松地笑了笑，随即拿起照片，从口袋里掏出打火机炙烤照片的正面，很快照片的背面就出现了浅紫色的字迹。
“真厉害，不到三十秒就解决了！”真纯啧啧称赞。
安室透有些得意，“这个游戏也太小儿科了吧，好歹我也是个侦探啊。”
真纯一边回忆一边认真地说道，“不过我尊敬的那位侦探说，这个小游戏虽然简单，但是其中确蕴含了推理最基本的道理。重要的线索都不会直接出现在你面前，你需要揭开掩盖住线索的迷雾，使事物显露出原本的状态，才能够发现真相。”
“掩盖住线索的迷雾？”这句话似乎启发了安室透，他立刻拿起地图，仔细查看图上的每一个信息，继续思考，“难道奇迹岛神奇消失的原因是……原来如此！”
他拿起电话拨了一个号码，“是X研究所吗，我找所长Rum……”
（作者解释：Rum（朗姆酒），是以甘蔗糖蜜为原料生产的一种蒸馏酒，原产地在古巴，口感甜润、芬芳馥郁。与金酒（Gin）、威士忌（Whisky）、白兰地（Brandy）、伏特加（Vodka）、龙舌兰酒（Tequila）、中国白酒(Spirits)和日本清酒（Sake）并称为世界八大蒸馏酒。在本系列柯南同人文中，Rum是组织某研究所所长。）
“等Rum调查验证我的推断还需要一段时间，现在终于可以休息一下了！”困扰已久的难题迎刃而解，这让安室透心情大好，可以心情轻松地和真纯聊天了，“话说你尊敬的那位侦探先生，该不会就是旅居美国著名的推理小说家工藤优作先生吧？”
“Bingo!真不愧是透哥，你是怎么知道的？””真纯一脸好奇。
（作者注释：“Bingo”是流行与欧美国家一种有博彩性质的游戏，游戏中的成功者以喊“Bingo”表示取胜而得名，现在在英语口语中表示答对了,猜中了,或者是做到了某件事情的意思。）
安室透笑眯眯地解释道，“很简单，Sharon是工藤优作的夫人有希子女士的好友，像你这种《暗夜男爵》的狂热粉丝，好不容易去了趟美国，能不缠着让Sharon让她带着你去拜访《暗夜男爵》的作者工藤优作先生吗，而且你刚才‘掩盖住线索的迷雾’这句话好像就是《暗夜男爵》某个故事的经典语句吧，话说我也是工藤优作的书迷哦。”
“太好了，透哥你最喜欢《暗夜男爵》系列的中的那个故事？你还有看过工藤先生其它的推理小说吗？……”一谈到自己感兴趣的推理话题，真纯就像一只小麻雀一样兴奋地叽叽喳喳说个不停。
望着面前天真快乐的少女，安室透心里感慨不已，大概谁都不会想到这个可爱的，喜爱推理的，自称是“CokeGirl”（可乐女孩）的假小子世良真纯，竟然会是国际犯罪团伙黑衣组织Boss的养女吧。只是对于这个养女，Boss采取了一种让人匪夷所思的“无为而治”的态度，任由她像普通的小孩一样成长，读普通的学校，交普通的朋友，放假的时候跟着身为美国影坛著名女影星的养母Sharon去美国游玩，对于她对推理的兴趣和成为名侦探的理想更是丝毫不加以阻止或引导。
所以，即使身为Boss的养女，真纯对黑衣组织的事情几乎一无所知。她不知道她尊敬的养父是国际犯罪组织的首脑；不知道她喜爱的养母Sharon的另一重身份是黑衣组织的“千面魔女”Vermouth；不知道养父的部下，也是她的那些“好朋友”们和酒名一样的代号，有着怎样复杂而可怕的含义。
如果有朝一日，真纯知道了这所有的真相，会变成什么样子？安室透不愿意去做这种可怕的假设，他现在只想尽自己所能的去保护这个少女的天真和单纯，远离黑衣组织的黑暗与龌龊。这也是作为东京警视厅潜伏在黑衣组织卧底的安室透，和所有组织成员都小心谨慎地保持着距离，却惟独对真纯毫不设防的原因。
她就像黑暗组织的一束阳光，他想保护她不被乌云笼罩。
但是让安室透没有想到的是，几年之后真纯还是介入了他和战友们与黑衣组织的对决之中，以一种让他绝对意想不到的方式。
不过现在的安室透，只是放松而好奇地看着面前的少女，世良真纯，这位Boss的养女，她到底什么来历？她的亲生父母是谁？她还有其它直系亲属吗？Boss对她的态度为什么如此特别？……
思考着这一系列问题的安室透，不知不觉对上了世良真纯那双兴奋的眼眸，那是一双颇具特色的眼睛，细细长长的眼眸，墨绿色的眼珠，明亮而充满智慧，这让他不禁想起了有着一双相似的眼眸的另一个家伙，就是那个刚进入组织的新成员诸星大。
一想起诸星大这个家伙，安室透就气的牙根直发痒，就是这个家伙，让曾经是警校第一的自己栽了一个前所未有的大跟头。他前些天侵入了自己的电脑，识破了自己警视厅卧底的真实身份，并以此为由要和自己进行“合作”，不但要不时和他“交流情报”，还要帮助他争取组织的任务，让他尽快在组织取得一定地位。
而安室透对诸星大的了解，仅仅是“极有可能是FBI潜伏在日本进行秘密调查的成员”而已。
“讨厌的家伙！总有一天我要把你的真实身份也挖出来！”安室透忿忿地想。
秀一一觉睡到下午三点，当他醒来回到驾驶室时，山田高兴地告诉他，“诸星先生，目前航行顺利，按照现在船行的速度，不出意外的话，今天傍晚我们就可以到达奇迹岛了。”
“是吗，那太好了。”秀一嘴上这样说，却依然用谨慎的目光注视着暂时风平浪静的大海，遥望着远处若隐若现的陆地，喃喃地说，“要起雾了啊……”
秀一的担心绝非没有道理，虽然目前海上的风暴已经大大减弱，游艇也即将抵达目的地，但是他们还面临着另一个危机，那就是如何成功靠岸。一旦船被骤起的狂风刮得偏离了航向，撞到了海岸的礁石上导致沉船，那他们就会瞬间葬身鱼腹。在拥有者丰富海上生活经历的他看来，在无边无际的大海奔驰要比触礁好万倍，因为海浪虽急，总有办法保护自己，至多让船听命海浪摆布罢了，可是如果是风暴把船吹到岸边一撞，那可就糟糕了。
更为不妙的是，风暴过后，海面上有了要起雾的预兆，一旦岛屿被雾霾笼罩，无法辨别方向，驾驶船躲避礁石的难度就会大大增加，更何况他之前有调查过，奇迹岛是一个极其特殊的“神秘之岛”……
到了傍晚六点，游艇离奇迹岛已经不到十海里了，船上的四人已经可以感觉到奇迹岛近在眼前，然而这时浓雾已经弥漫开来，他们只能看到岛屿模糊的影子。为了保险起见，秀一把游艇停在了原地，只张起三角帆，等待大雾散去。
（作者解释：海里是航海度量单位，一海里约为1.8公里。）
终于一个小时之后，海风慢慢刮起，浓雾开始散开，在眼前的一切迅速的明朗当中，秀一看见了一片低地，在下风向大约三公里处。在三角帆的带动下，游艇正对着那片低地奔去，前面浊浪滔天，海浪高得出奇，秀一立刻明白浪头遇到坚实的阻挡才会蹦得如此之高。
“天啊，诸星先生，有暗礁！”山田开始着急了。
“我也是这么认为的。”秀一还是一如既往的平静。“看来我们的生命是掌握在老天爷手中了，如果暗礁有缺口就能让我们的船驶过去，如果不能将船对准那缺口驶去，那我们就完了。”
山田似乎不想这样听天由命，“此刻潮正高，也许我们能把船开过去。”
秀一看了看飞溅而起的浪花，淡淡地说，“你看那浪头跳得多高，什么船能闯过去呢？我们得另想办法才行。”
这时预感到情况有些不妙的宫野姐妹也来到船头，明美急切地问道，“我们能帮上什么忙吗？”
“祈祷。”秀一的回答很简单，“祈祷我接下来的计划能成功。”