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“那是怎么回事？！”小霞看到闪电鸟被三个极其怪异的东西困住，大惊失色，下意识的以为是火箭队在出手，“你们做了什么？！神鸟也是你们可以惹得吗？！”
“不是我们！”“就是，我们一直在这里，怎么出手啊，喵——”“就是，虽然神兽我们也敢惹……”
“闭嘴！小次郎！”x2
“这应该就是那个疯狂的收藏家搞的鬼，火焰鸟就是被这个奇怪的东西抓走的！”
“什么！”x众人
“皮卡丘，月精灵，我们上！”说完小智放出比雕，一个箭步跳了上去，而皮卡丘和月精灵则跳上了波克基斯的背上。“大家前去救火焰鸟和闪电鸟他们，绝对不能够让他们发怒……”
“皮卡丘！”
“比——比~”
闪电鸟虽然十分的厉害，但是吉尔露太制作的捕捉装置真的很厉害，几个回合之后，闪电鸟便无法再动弹了。小智和他的小精灵们，也顺势被抓了起来，只是月精灵似乎隐藏于暗中，伺机而动。
空中移动城堡指挥室中，吉尔露太看到屏幕上显示闪电鸟已经捕捉完毕，脸上露出了笑容：“捉到剩下的急冻鸟，就等他（海神洛奇亚）出现了，到时候就可以抓到他了。”
就在这个时候，仪器突然传来了声音：“真的很对不起，在抓闪电鸟的时候，抓到了一些附属品。”
“附属品？”
小智等人被关押的地方，跟火焰鸟和闪电鸟的位置相同，看到疲惫不堪的火焰鸟，小智心中闪过一丝担忧。正当他准备动手的时候，突然传来了一个男人的声音：
“我没邀请你们，你们进来做什么？”吉尔露太坐在自己的驾驶座上，高傲的说，“这是我的地方。”
“不过算了，觉得这些收藏品怎么样？这两只是火焰鸟和闪电鸟，很难得才能够见到，是不是很羡慕？
“我们一点也不羡慕！”小霞愤怒地说，“你既然抓了这些小精灵，就该把它们放进精灵球，你这么做会伤害到他们！”
“我不想做精灵训练家，我收集他们只是为了作为收藏品，如果不能亲眼看到那件宝物，又怎么算的上是收藏品？我可以让你们欣赏我的收藏品，不过千万别用手碰，因为这是礼貌！”
就在小智他们想要反驳的时候，仪器突然传来了画面和声音：
“已经探测到急冻鸟开始活动了。”
“肯活动就好了，等你很久了。”吉尔露太坐了下来，开始操作仪器，准备开始捕捉急冻鸟。
而在前往亚西亚岛的飞机上上，大木博士等人也开始对这次天气变化的原因作出解释，两只河马王也带着召集过来的小精灵，严阵以待，随时做好着使用绝招的准备。龙天王渡此刻正乘着快龙，飞速地往这里赶来，只是越来越恶劣的天气，让渡的速度不得不减慢下来。此刻，渡的心情简直就可以用心急如焚来形容了。
小智见吉尔露太离开之后，对芙罗拉等人说：“三神鸟如果同时出现，并且被人类惹怒的话，就会开始互相争斗，他们的力量会改变全世界的天气，海洋也会渐渐改变水位，有可能会淹没大陆。所以我们必须阻止他们。而且，在这种情况之下，海神洛奇亚有可能会被引出来，到时候吉尔露太要是把海神洛奇亚也给抓住了，那可就真的麻烦了。”
“小智，你有什么办法么？”
“我一会就去救火焰鸟，你们也想办法破坏困住闪电鸟的装置，然后我们一起去阻止吉尔露太。如果事情顺利的话，这次的事件就此结束。如果急冻鸟也被惹怒了，那我们就只有前去第三座岛屿取得急冻鸟的宝物，用仪式之中的方法联络海神洛奇亚，平息众神的愤怒。”小智看了一眼火箭队的三个人，“我相信你们不会在这种危机关头给我们捣乱吧？”
“当然不会，喵！”
“如果世界毁灭了，就没有小精灵了，我们就不能偷小精灵了，我们就失业了！”
“就是就是！”
“很好，那我们开始行动吧！”
小霞他们带着各自的小精灵，开始使用绝招攻击困住闪电鸟的笼子，而小智则让利鲁欧使出合金爪，不断的攻击着那些金属装置，月精灵也不断地使用钢铁尾巴进行攻击。小智个人则利用波导的力量唤醒火焰鸟，让他发出火焰灼烧那些金属装置。
也不知道是不是小智身上的火焰鸟的宝物在火焰鸟的羽毛作用下激活了，笼中的火焰鸟的力量不断的透射出来，让装置温度不断的升高，利鲁欧的合金爪和月精灵的钢铁尾巴在攻击了不知道多少次后，终于将装置破坏掉了。
而另一边，由于水枪等水系绝招产生的水被电分解成了氢气和氧气，加上攻击时产生的火花，终于发生了大爆炸，将闪电鸟的笼子炸了开来。
一直被关押的闪电鸟终于脱笼而出，但是同时，脾气本来就不好十分暴躁的他，开始发泄愤怒，四处攻击起来。众人和他们的小精灵早已是筋疲力尽，无力动弹了，幸好火焰鸟因为小智的原因还没有完全失去理智，张开翅膀护住了小智等人。
两只神鸟不停的打斗，破坏了城堡的系统，使得他们不得不在闪电鸟的岛屿上迫降。飞翔而出的两只神鸟，正好碰上了怒火中烧的急冻鸟——至此，三只愤怒的神鸟聚集在此，预言之中的景象开始发生了……
仓皇逃出的小智等人眼看着就要被神鸟的攻击波及到的时候，冰层（急冻鸟制造的）突然裂开，一道水龙卷托住小智他们安身的快艇，向着主岛而去。
等在岸上的河马王看到水龙卷的出现，喃喃地说：“终于出现了，大海之神！”
在水龙卷消散之后，一只白色的精灵出现了，正是海神洛奇亚。三只战斗的神鸟在这个时候也停止了打斗，开始一起向着海神攻击。
小智见状，以手按心，发出波导：【火焰鸟，请停止攻击，不要让怒火焚烧了你的心智，现在另外两只神鸟已经失去了理智，我们需要一起协助海神让他们平息愤怒】
飞翔之中的火焰鸟感应到了小智的话语，停下了喷射火焰的攻击，开始转而攻击急冻鸟。天空之中的局势现在变成了二对二。
【小智，因为你我才能够暂时保持理智，时间久了，负面能量将会影响我。我会再次陷入愤怒之中。快点想办法，结束这一切吧！】
【明白！】
“真是伤脑筋，除非可以找到一位优秀的指挥者，不然很难平息终身的愤怒。”河马王深沉的说。
【小智一定可以的】小智的河马王对着大家说，并且伸出了大拇指，【加油！】
“好的，”小智对芙罗拉说，“芙罗拉，等会我就跟我的伙伴们一起去拿取第三个宝物，到时候我们一起吹奏海神之曲，一定可以平息众神的愤怒。等会要是洛奇亚有些不支的时候，你可以吹响海神之曲，这首曲子应该对他有所帮助。”
“明白了。”芙罗拉点了点头。
小智将手中的两个宝物放好了之后，转身对着自己的小精灵说，“大家，我们上吧，向着急冻鸟的岛屿前进！”
很快的小智便坐着乘龙开始向第三座岛屿前进了。而天空之中，四只神鸟依旧在不停的混战，火焰鸟更是时不时的有着失去理智的倾向。好在其他的小精灵在利鲁欧的传讯（小智和利鲁欧两个就像是发报机那样，嘻嘻）、河马王的指挥下，不断地使用恢复技能和干扰技能，协助着小智，否则小智前进的速度会再次减慢。
其实小智并不是没有想过使用超能力系的小精灵来将自己瞬移到目的地，只是不知道怎么回事，自从没有三神鸟坐镇，这个地区全部的空间似乎阻断了瞬间移动的可能。如果强行使用的话，谁也不知道会出现什么问题。
经历了无数风波之后，小智终于到达了第三座岛屿，并且取得了急冻鸟的宝物。但是就在这个时候，火焰鸟再也支撑不住了，理智终于化为灰烬，开始于另外两只神鸟一起混战洛奇亚。与此同时，小智项链上的火焰鸟羽毛在一阵火焰之中化为灰烬。
见到此景，小智猜到火焰鸟大概完全丧失理智了，不由心中一沉。咬了咬牙，他对着皮卡丘说，“我们走，大家还在等着我们！”
“皮卡丘~”
来的路上还好说，没有什么危险，但是回去的路上，攻击他们的就多了曾经的战友火焰鸟。
而海神洛奇亚体力几乎就要告罄，眼看着一道急冻光线就要打中小智他们的时候，突然听到天空中传来了一道熟悉的声音：
“快龙，龙之怒！”
就在这个紧要关头，龙天王渡，终于到达了亚西亚群岛。
“阿龙大哥，你来啦！”小智惊喜地喊道。
“小智，你在做什么？这里很危险！”
“没事，现在只要到达主岛，应该就没有问题了！”
“那你上来吧，我带你过去！”
“嗯！”说完，小智一个纵跃，抓住了渡伸出的手。
渡紧紧地抓住了小智的手，一使力将其抱在了怀中。感受到怀中之人的体温，渡心中的大石总算落地，抬头对着快龙说：“向主岛前进！”
“呜呜——”快龙一声龙吟之后，飞速的前进——不愧是龙天王的王牌之一，以快速闻名的小精灵。
当他们终于在重重攻击之下到达祭坛之时，一直没有露面的吉尔露太再次发动了捕捉。而这一次，他捕捉的对象，却是海之神洛奇亚。
虽然洛奇亚极力挣扎，但是依旧难逃装置的束缚。最后，洛奇亚发出了他的大绝招——破坏死光。
真不愧是神兽的破坏死光，即使是残余的能量都破坏惊人，这道能量光束在破坏了他头部的束缚装置后，扫射过天空以及闪电鸟岛上的城堡。三只神鸟都受了不轻的伤，纷纷落地。吉尔露太的城堡在中招之后，在一阵爆炸之中成为废墟。
但是，用尽了最后的力气的洛奇亚，最后昏迷过去，掉入了海中。
而四周的环境，极其的恶劣。即使没有神鸟的破坏，也依旧不容乐观。
小智知道这个时候，就是需要三样宝物和海神之曲的时候了。他赶紧跑上祭坛，将最后一个宝物放在正确的位置上。当他刚刚放好的时候，一阵小龙卷以他为中心震荡开来，使得尘封多年的祭坛恢复了原貌。周围的七根石柱正是回音石，只要在这里吹响海神之曲，就能够让海神恢复力量，三神鸟平息愤怒。
小智拿出了精灵之笛，与芙罗拉对视一眼，一起吹响了海神之曲。
在温和广博的乐声之中，回音石下不断涌出奇特的水，这水所经之地，寒冰开始融化，百花盛开，三神鸟相继恢复了冷静，一起飞向天空，驱散了乌云，将周围紊乱的能量梳理清楚——世界渐渐恢复了正常。
就在这个时候，海神洛奇亚从海中激射而出，展翅之间控制着四处的水流移动，形成了一道特别的景观——这是他在让大海恢复正常的流动。
在四只神鸟的帮助之下，这次的危机总算是过去了，逃难的小精灵也纷纷返回故乡，劫后余生的人们欢呼起来。
小智看着不远处的渡，开心的笑了起来，那笑容就如同雨后的阳光一般清爽灿烂。