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却说朱由崧于五月即皇帝位于南京紫禁城武英殿，年号弘光，以次年为弘光元年。其国号依旧为“明”，史称“南明”。
多尔衮闻报，召洪承畴洪老先生来府中秘议。此时这洪老先生，已讬史可法兄弟寄书招降，又与多尔衮代作一书，命故明副将韩拱薇，及参将陈万春秘密遣送。
多尔衮照常办事，除处理国务外，仍是监视工作，1644年（清顺治元年、明崇祯十七年、李自成大顺朝永昌元年，张献忠大西朝大顺元年）六月，多尔衮与诸王贝勒大臣商议决定，迁都北京。清廷迁都北京既是出于统一中原、雄霸九州的目光，也是基于退可出关外的战略考虑。清廷以多尔衮为首者认为要“以图进取”，必须迁都北京，只有占据这个关口才能进而统一全国，“以建万年不拔之业”。
多尔衮遂派降臣金之俊为监工大臣修筑宫殿，从京城至山海关，填筑大道；又招集侍女太监，派往各宫承值，宫中需用的器具物件，特遣专员往各处采办；多尔衮当政务余闲的时候，亦亲去监察，足足忙了两个多月，方报竣工。
八月二十日，清朝开始迁都。多尔衮派阿济格、多铎等，率兵出城巡察，又令于通州城外，先设行殿，命司设监去设帷幄御座，尚衣监去呈冠服，锦衣卫去监卤簿仪仗，旗手卫去陈金鼓旗帜，教坊司去备各种细乐。大致齐备，闻御驾已入山海关，进次永平，即传集满汉王大臣，统穿着吉服，往行殿接驾。是日銮驾已到京城，龙旗焕采，鸾辂和铃，两旁侍卫拥着一位七龄天子，生得秀眉隆准，器宇非凡，后面便是两宫皇太后。这位吉特氏，华服雍容，举止端庄。多尔衮忙率王大臣等，排班跪接。由太监传旨平身，始一齐起立，随銮驾而行。从永定门入大清门，王大臣等仍送迎如仪。是时城内的居民，早已奉到命令，家家门前，各设香案，烟云缭绕，气象升平。銮驾徐徐经过，入了紫禁城，王大臣等始起身而退，只多尔衮随驾而入。
接连忙了数日，无非是安顿行装，排设器具，十月初一，顺治帝在皇极门（顺治二年改称太和门）祭告天地社稷，并将历代神主，奉安太庙，并向全国颁布登基诏书，大旨为“国号大清，定都燕京，纪元顺治”等语。加封多尔衮为叔父摄政王，命礼部为多尔衮建碑纪绩，加赐多尔衮册宝、上饰十三颗东珠的黑狐冠一顶、黑狐裘一袭，金银、马驼等。又加封济尔哈朗为信义辅政王，晋封阿济格为武英亲王，念豪格跟从清军平定中原有功，复肃亲王豪格爵，赐吴三桂平西王册印。
至此清王朝正式定都北京，开始了以北京为都城的长达260多年的统治。而且从顺治令人为多尔衮建碑纪功，“永垂功名于万世”开始，在待遇上，多尔衮开始凌驾于诸王之上。
此时全国的形式仍不容乐观，李自成火烧紫禁城后七月渡黄河败归西安，不久，弃西安，经蓝田，商州，走武关，西奔入陕。由于南明弘光帝朝廷的建立和大顺军的节节败退，很多投降大顺的原明朝将领复投南明或清朝，于是李自成疑心日盛。另一支农民军在张献忠率领下也于十月建大西国于成都，统一了全川。残明势力也已于五月中旬拥戴福王朱由崧为帝，定都于南京，改年号为弘光，尚拥有中国南部的半壁富庶江山，兵多粮足，构成清朝统一中国的障碍。
多尔衮在这种形式下，定下了对农民军的主要力量坚决消灭，而对南明政权则是“先礼后兵”的战略。遂授阿济格为靖远大将军，率同吴三桂、尚可喜等，由大同边外，会诸蒙古兵，入榆林延安，攻陕西的背后。多铎为定国大将军，率同孔有德等，由河南趋潼关，攻陕西的前面。多尔衮又遣豪格出师山东，豪格不敢违慢，亦即奉令而去。
多尔衮则留京辅助顺治处理政务，一日，正自大内回邸，忽由洪承畴入见，报称江南遣使左懋第、陈洪范、马绍愉等，携带白金十万两，绸缎数万匹，来此犒师。
多尔衮道：“何处的军士，要他犒赏？”
洪承畴道：“说来可笑。他说是犒我朝军士呢！还有史可法一封复书。”说至此，即袖出一书呈上，多尔衮拆开一阅，不禁惊叹，因史公来书，是洋洋二大篇。当即交洪承畴朗诵，承畴遂徐声念道：“大明国督师兵部尚书，兼东阁大学士史可法顿首，谨启大清国摄政王殿下，等等等等。”几千字总结下来，我史可法是不会降顺的。
洪承畴读毕，随道：“照陈洪范传说，现在明福王用了马士英、阮大铖等人，入阁办事，恐怕就要灭亡。”
多尔衮问他何故？洪承畴道：“马士英向来贪鄙，阮大铖是魏忠贤的干儿，这等人执掌朝纲，还有何幸？”
多尔衮道：“还有史可法在。”
洪承畴道：“单靠这史可法一人，也怕是独木难支。”
洪承畴接着道：“来使左懋第恰有四件事要求我朝：第一件，是要在天寿山特立园陵，改葬崇祯帝；第二件，是要索还北京，只肯把山海关外，割畀我朝，每年赠我岁币，只有十万两；第三件，我朝与他国书，只许称可汗，不能称帝；第四件，来使聘问，要照故明会典，不肯屈膝。”
多尔衮勃然道：“左懋第何人？敢说这样的话！”
洪承畴道：“闻他为兵部右侍郎，兼右佥都御史。
多尔衮陈思片刻，便道：“且令他三人暂居鸿胪寺中，再作计较。”
歇了几天，洪承畴因染病乞假，不去上朝，忽闻朝中已遣回南使，大吃一惊，忙来见多尔衮，问道：“王爷把南使都遣回了么？”
多尔衮道：“两国相争，不斩来使，自然令他回去。”
承畴道：“老臣已与陈洪范密约，愿招降江南将士。洪范可去，左、马二人不应遣归。”
多尔衮道：“你日前未曾声明，今已遣归，奈何？”
承畴道：“请速派得力人员，追回左懋第、马绍愉二人，只放陈洪范回南。”多尔衮点头，即令学士詹霸，带着禁军，飞骑南追，不到两三日工夫，即将左、马二人截回，并将其软禁起来。