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却说江阴被陷，明遗臣已亡了一半，只有宜兴、太湖、吴江、徽州等处，尚有抗清的明臣，至是势孤力危。
适洪承畴到江南，遣降将苏州提督吴兆胜进攻吴江，在长白荡遇着吴易伏兵，被杀得大败亏输，清兵死伤无数，被缴获战船数十艘。恰巧贝勒博洛自杭州北还，击败徐石麟于嘉兴，逐走陈梧于平湖，沿途略地，直至吴江，遇着吴兆胜败军，与之联合，再攻吴易。
得胜以后吴昜对清军疏于防范，岂知吴胜兆早先收买了一批亡命之徒，假称反清打入内部伺机破坏。吴昜不听孙兆奎、沈自炳的规劝，祝酒庆功毫无警惕。
谁知博洛命清兵四面分攻，将长白荡和何家漾团团包围，封锁了所有出入的港汊。老天又下起大雨，吴昜、孙兆奎、沈自炳发现敌情全力布防，在梅家栅一带来回督战。清军火炮齐鸣，箭如雨下，而吴易军因雨兵器受潮，举炮炮不响，拉弓弦脱胶，竟无回手之力。又有混入的奸细作乱，吴易军将士分不出敌我而自相残杀，死伤众多。清军的包围圈越来越小，吴昜感到形势不妙，准备带余部从何家漾向南撤逃。这时孙兆奎被捕，沈自炳兄弟和诸多将领战死，吴昜的老父和妻女、孙兆奎的妻女都投水而亡。吴昜全军覆没，落水只身逃遁，只剩下长白荡和何家漾的湖水呜咽哭泣。
江南民兵，至此已尽，洪承畴又遣都统叶臣，总兵张天璜，进攻徽州。明佥都御史金声在绩溪起兵，招募义勇，分驻要塞，联络巡抚邱祖德，职方郎中尹民兴，吴应箕等，互为援应，并遣使通表福州。此时唐王朱聿键已在郑芝龙等人的拥立下，在福州监国称帝，年号隆武。
朱聿键接阅金声奏报，喜不自胜，命他为右都御史，兼兵部右侍郎，总督诸道兵马。金声亦感激图报，率门生江天一取旌德，拔宁国，声威颇振。怎奈人心未死，天意难违，清兵从间道入丛山关，直趋绩溪，金声急麾兵回援，与清兵相持。偏偏出了个黄澍，口口声声，说要恢复大明，金声道他是故明臣子，可共患难，不意他竟暗通清将，乘夜开城，放入清兵。
绩溪遂失陷，金声及门生江天一、总兵范云龙等皆被擒，只逃脱一个尹民兴。被押到南京后，洪承畴以同年进士身份劝金声归降，金声双目圆睁，大声怒斥道：“岂有受恩如尔而降者！”
江天一朗诵崇祯帝祭文以辱之。说要学习洪亨九先生，洪承畴说我就是，金声说道：“谁不知道洪先生已经殉国了！先帝（崇祯）恸哭辍朝，赐祭九坛，封妻荫子，你竟敢假冒洪经略？“洪承畴被气得无言以对。
清豫王多铎看重金声，洪承畴杀金声有顾虑，就暗示金声出家为僧。金声说：“何以为忠臣！”洪承畴谓其“火性未除”，遂杀金声。十二月五日，金声在南京雨花台慷慨就义。江天一从死，临刑前大呼：“流芳百世，遗臭万年，此一息也！”金声弟金经、总兵范云龙一同就义。临刑前，他遥拜明孝陵后端坐饮刃。
此时抚州被攻克，益王朱慈炲逃亡广东。长江上下游基本被清兵平定，捷报纷纷到京，只剩唐王朱聿键、鲁王朱以海盘踞浙闽，不得不再行进攻。
多尔衮意欲遣豪格前去，适流张献忠又盘踞四川，任情屠掠，难民流徙他处，纷纷泣吁清廷。多尔衮遂趁这机会，命豪格为靖远大将军，与衍禧郡王罗洛浑、贝勒尼堪等一起西征，又令平西王吴三桂等西略四川。
浙闽的军事，仍令博洛前行，南明隆武二年，清朝顺治三年(1646年)，封博洛为征南大将军，率费英东第七子一等公图赖，贝子屯齐，南下杭州。
此时南明内部的党派斗争异常严重，鲁、唐二王之间为争正统地位自相水火，各自为战。按辈分而论唐王朱聿键是鲁王朱以海的叔叔，从拥立时间上来看，朱聿键略早于朱以海，而且已经称帝。唐王欲鲁王退就藩属，朱聿键命都御史陆清源携带白银十万两前往浙东犒师，却被朱以海部将杀害，饷银也被劫去。但由于朱以海政权中许多文官武将向隆武朝廷上疏效忠，朱聿键也加意笼络，给他们进官封爵
朱以海针锋相对采取挖墙脚措施，派左军都督裘兆锦、林必达来以公爵封郑芝龙兄弟。朱聿键闻讯大怒，将来使囚禁。不久，又杀朱以海所遣使者总兵陈谦。
由于朱以海坚持同隆武朝廷分庭抗礼，又因地理位置监国政权处于抗清的前线，给福建朱聿键政权提供了屏障，隆武朝廷的实权人物郑芝龙对这种局面心中窃喜，按兵不动有了借口。
恰此时清朝封博洛为征南大将军征讨浙东，五月，博洛率兵渡钱塘江，忽见来了一只乘风鼓浪的大舰，舰首立着一位盔甲鲜明的主将，正是故明兵部尚书张国维。两下麾众抟战，不一时，博洛的坐船，被明军击了一个大窟窿，惊驶回岸，清兵亦相率奔回，登岸返城。张国维乘胜至城下，竭力攻打，忽报方国安拥了鲁王已至东岸，张国维只得退回迎驾，暂时休息。
方国安在朱常淓南明弘光政权成立时依附于马士英，挂镇南将军印，镇江浦。左良玉以“清君侧”之名起兵南下时，方国安仓皇东走。
后清军南下，方国安拥兵入浙，军纪败坏，百姓深受其害，民心不附。潞王朱常淓在杭州降清后，马士英和阮大铖先后投靠于方国安。鲁王朱以海监国后晋封方国安为越国公，并且筑坛拜方国安为大将，节制诸军。
此时方国安拥鲁王朱以海扎营于钱塘江东岸，绵亘二百里，又请调张国维守义乌。张国维一去，清兵遂运舟载炮，大举渡江。
刚好这年夏天浙江久旱不雨，钱塘江水涸流细。清军见水深不过马腹，博洛遣统领图赖等从上流渡江，分兵两路进击绍兴，清兵策马径渡，方国安不敢力拒，钱塘江防线顿时土崩瓦解，大批明朝官吏投降清军。方国安、阮大铖等亦带领兵马赴清营投降。
朱以海在张名振等人护卫下离开绍兴，经台州乘船逃往海上。
博洛率清兵平定绍兴后又连克温州、台州等地，又在降将阮大铖引导下进围金华。阮大铖驰书招降，朱大典裂书并杀招抚使，率全程军民固守金华。
朱大典固守月余，清军未能越雷池一步。不久，清军调来红衣大炮，阮大铖知西门新筑土未坚，以炮专攻其处，城崩。朱大典家中妇女先投井自殉，朱大典自己携火绳与子孙、宾客聚于火药库中引爆殉国。城陷后，清兵屠城三日，杀戮甚惨，死者不可胜数。