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南明短暂的存在，是明末通讯主要靠人马的产物。当时李自成的农民军攻克北京，崇祯自尽，此时江南绝大部分地区都还是效忠大明朝的，南方相对平静，在南京的官员，也做好了从海路迎接太子朱慈烺来南京监国的准备。
南京在明朝初年，就是明太祖定的首都，虎踞龙蟠之地。后来到了永乐年间，明成祖朱棣发动靖难之役，起事攻打侄儿建文帝，夺了皇位登基，迁都北平。南京作为留都，一直保留了六部、督察院等一整套与京城相对应的官僚机构，但南京的各衙门多为虚衔，崇祯十七年，握有实权的，是大明留南京的首席大臣、兵部尚书史可法。
崇祯十七年三月二十日，吴三桂和吴应熊就派人去告知史可法、左良玉等将领，太子已安全到关宁军中，但宋献策后来又派人从京城传出假消息，说崇祯的三个儿子都被大顺军俘获。一时间，真假太子难辨，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣、太监、拥兵自重的将帅，就在拥立哪一位藩王监国展开了一场勾心斗角的内斗。
史可法还算忠义，一边派教过太子读书的老师方拱乾、杨士聪，还有司礼监的太监马朝进和东宫伴读丘志忠等人去吴三桂的关宁军大营辨认太子，一边也加入了拥立藩王监国的权力争斗，因为生逢乱世，万事皆有可能，一步错则满盘皆输，史可法也要给自己的家族留一条后路。
当时，以血统亲近论，崇祯帝的祖父神宗朱翊钧的子孙有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛；神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓。按照封建伦序观念，应该首先考虑福王、桂王、惠王。而在福王、桂王、惠王中，福王朱由崧又处于优先地位，继统更为适宜，而且桂王、惠王在张献忠部进入湖南时逃往广西，此时距南京还较远，福王却近在淮安。
在继位伦序和地理上，福王朱由崧都占了明显有利地位。朱由崧的身世显赫，他是在万历帝时差一点被立为帝的福王朱常洵之子，十岁时朱由崧被封为德昌郡王，后来又立为福世子，李自成攻破福藩洛阳，杀了老福王朱常洵。朱由崧和母亲邹氏好不容易逃出一死。尽管后来袭了福王的虚封，可那时天下大乱，朱由崧自然在洛阳站不住脚，只好四处流串，生活无着。破落王孙，在权贵眼里跟乞丐没什么两样。所以江南士绅中部分东林党人，从狭隘的一己私利出发，以福王昏庸为名，坚决反对立福王，内中隐情要追溯到天启朝时，朱由崧的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，从万历到天启朝廷上围绕储君问题展开的“妖书”、“梃击”、“移宫”等轰动一时的案件都同郑贵妃有关，正是由于东林党人的力争，神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵为太子的图谋才化为泡影。东林党人已和福藩结下不解之仇，因此，他们担心一旦福王朱由崧登上帝位，重翻旧案，趁机报复，所以以东林领袖钱谦益为首，以立贤为名，大张旗鼓地推出了一个莫名其妙的继承人潞王朱常淓。
在籍礼部侍郎钱谦益当时被视为东林党魁，他两次从原籍常熟赶往南京，以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓，支持钱谦益的有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言等人。
这时，人言可畏，但更重要的是握有实权的人发话，于是南京兵部尚书史可法的态度就很关键。史可法是东林党人左光斗的得意门生，也对拥戴福藩继统心存疑虑，但又担心舍亲立疏将引起更大的政治风波。
在南京被拥潞王、拥福王两派人士弄得左右为难时，经过反复考虑，史可法暗自前往浦口同凤阳总督马士英会面。
史可法偷偷跑去浦口约见掌握三镇兵马的凤阳总督马士英，跟马士英密谈，指出福王朱由崧“贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司”，不值得拥立。
马士英的身份只是一个地方军阀，但他掌握三镇五万人马，有心要立个大功，于是两人很快达成了一致意见，秘密商定出一个既不得罪钱谦益等东林党人，又不影响自己掌权的方案，即放弃福王和潞王，两个热门人选都不立，另外拥立桂王朱常瀛。
史可法遂于到达浦口的第二天，就写信回南京，提出了拥立桂王，同时由潞王仿照古兵马元帅之制暂时统率兵马的方案。
而盘踞在南京的东林党势力，其实只要不是福王朱由崧继位，无论选谁都是不会有意见的，所以他们一接到史可法的方案，礼部就马上准备了各种仪仗，打算出发去广西接桂王朱常瀛到南京继位。
在淮安的朱由崧却慌了神，作为侯选人中的最大热门，却没有忠义的文臣来对他表忠心，搞投机的也寥寥无几。这一切使朱由崧大为恼火，痛骂那些文臣个个都是只顾私利的混蛋，他感到情况不妙，写信求助守备凤阳的太监卢九德，让他直接向雄踞江北的三镇总兵高杰、黄得功、刘良佐求助，只要他能上位，就重赏功勋。
卢九德在万历末年曾在宫中为老福王朱常洵服役，他对福王忠心耿耿，于是出面联络三镇总兵高杰、黄得功、刘良佐，许诺一旦福王登基，将以“定策拥立”重赏三人。高杰、黄得功本来就是野心勃勃的流串军阀，见有“定策拥立”的大买卖可做，这是无本而有万利的好机会，于是一拍即合，甩开他们的顶头上司——正与史可法密商的凤阳总督马士英，做起了定策元勋，刘良佐的兵力明显不如高杰和黄得功，于是他也同意立福王，趁机分功。
马士英同意史可法的建议立桂王，他认为这是自己参与定策的重要机会，在同史可法达成协议后，他兴奋邀请南京各衙门官员赴浦口当面宣布这一决定，借以显示自己是参与定策迎立桂王的第二号人物，谁知南京六部等大臣认为马士英虽有兵权，但凤阳总督不过是地方官，无权召集朝廷大臣开会，于是谁也没去。
自感扫兴的马士英回到凤阳，突然得到报告守备凤阳太监卢九德勾结总兵高杰、黄得功、刘良佐决定拥立福王朱由崧。情况又有变化，马士英大吃一惊，然而他毕竟屡经宦海浮沉，老于世故，看准了朱由崧要当皇帝已难阻止，他有最亲近的皇室血统，有将帅统兵为后盾，有太监在旁翊赞，不足之处，正缺少一员大臣。马士英立即改变了主意，同高杰、黄得功、刘良佐、卢九德等人在凤阳皇陵前立誓，拥戴福王，成了定策第一文臣——把史可法都挤掉了。
史可法一开始还蒙在鼓里，以为马士英是不是被谁的谣言迷惑了，又亲自写信给马士英，信中痛骂福王朱由崧昏聩糊涂，没想到却成为落在马士英手中的把柄。
为了取得在即将建立的朝廷首席大学士职位，凤阳总督马士英抓住史可法为拥立桂王而列举福王“七不可立”的来信作为把柄，又针对南京等地东林党人拥潞之声甚嚣尘上，带领兵马护送朱由崧直抵浦口，并且在立福已成定局的情况下发文声称：“闻南中有臣尚持异议，臣谨勒兵五万，驻扎江干，以备非常，志危险也。”
史可法知道自己上了大当，攻击福王的书信落在马士英手里，白纸黑字，有口难言，他除了满腹悔恨地默默跟随福王朱由崧由浦口乘船前往南京就任监国以外，别无其他选择了。随即马士英便带领五万大军杀气腾腾的护送朱由崧来到南京浦口。
大势已定，满心悔恨的史可法，还有东林党人也只好接受这个现实了，福王朱由崧在史可法陪同下，乘舟抵达南京城外燕子矶，南京官绅均往朝见。
不久，朱由崧登岸，先拜谒孝陵然后从朝阳门进南京城。文武百官朝见后商议立福王为主究竟应当立即登基为帝还是暂用监国名义，这里的区别是登基后就没有改变的余地，监国则尚有退步。有的大臣考虑到崇祯三子下落不明，而他们之中任何一人都是较各藩王更符合继承帝位的人选，因此主张再等待一段时间。
最后，朱由崧在南京就任监国，用黄金铸造监国宝，颁谕天下说：“孤避乱江淮，惊闻凶讣，既痛社稷之墟，益激父母之仇。矢不俱生，志图必报。然度德量力，徘徊未堪。乃兹臣庶，敬尔来迎，谓倡义不可无主，神器不可久虚，因序谬推，连章劝进，固辞未获，勉循舆情，暂受监国之号，朝见臣民于南都，孤夙夜竞竞，惟思迅扫妖氛，廓清大难。德凉任重，如坠谷渊，同仇是助，犹赖尔臣民。其与天下更始，可大赦天下。”
就任监国之后，朱由崧依照廷臣的推荐，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督。而就在这时，吴三桂携带太子朱慈烺返回京城登基称明帝的消息传来，教过太子读书的老师方拱乾、杨士聪，还有司礼监太监马朝进和东宫伴读丘志忠等人也从京城回到南京，说吴三桂拥立的太子为真，史可法和东林党人这才松了一口气，暗自庆幸自己办事留有余地，力请福王朱由崧去掉监国之号，臣服明帝！
在朝堂上，福王朱由崧收到史可法请“去监国之号，臣服明帝”的奏章，脸黑得像黑炭，三十七岁的朱由崧，小字福八，却一点福也没有，这一辈子历尽坎坷，李自成陷洛阳，他的父亲朱常洵缒城出，藏匿于迎恩寺，后被搜出遇害。朱由崧自己缒城逃脱，前往怀庆避难，崇祯十七年怀庆闻警，朱由崧又逃亡卫辉，投奔潞王朱常淓，三月卫辉闻警，朱由崧又随潞王逃往淮安，一直躲在船里，三月十八日才上岸，好不容易斗智斗勇，当了监国，吴三桂又携带太子朱慈烺返京城登基称明帝，他不甘心这么认命，不甘心让位，他望了一眼东阁大学士、兵部尚书马士英，道：“听说当时李自成的贼军围城跟铁桶一样，连一只苍蝇都飞不出去，这京城的太子不会有假吧？”
马士英还没吭声，史可法道：“臣让教过太子读书的老师方拱乾、杨士聪，还有司礼监太监马朝进和东宫伴读丘志忠等人到京城辨认，已确认吴三桂拥立的太子为真。”
福王朱由崧很忐忑，道：“听说那平西伯吴三桂勾结满清，我侄儿不会入了董贼那样的豺狼之手吗？”
史可法知道福王朱由崧说的董贼就是三国时的董卓，他不认同把吴三桂比作董卓，反驳道：“先帝以圣明之主，遘变非常，即枭逆闯之头，不足纾宗社臣民之恨，是目前最急者无逾于办寇矣。平西伯因其顺势，先国仇之大，而特宥前辜，借兵力之强，而尽歼其丑类，亦今日不得不然之著数，乃当世之豪杰也！”
这时，以钱谦益为首的东林党人也力请福王“去监国之号，臣服明帝”，钱谦益于是向福王朱由崧报告了一个重大的军情：“宁南伯左良玉已经率军二十万顺江东下，支持太子朱慈烺。”
因为左良玉的做官曾得力于侯恂的推荐，侯恂本是东林党人，左良玉是站在东林党人的一边。
另外，李自成在居庸关战败，左良玉利用这个时机收复了湖北西部的荆州、德安、承天，这时左良玉拥有八十万兵力，号称百万，前五营是他的亲兵，后五营是投降过来的士兵。湖广巡抚何腾蛟以及总督袁继咸住在江西，他们都跟左良玉很友好，这一带都宣布效忠明帝朱慈烺。
更重要的是，太子朱慈烺即位后，吴应熊未雨绸缪，让明帝加封左良玉为平南王。
史可法又说，明帝已经派使者到南京，加封黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐为四镇军官为伯，他们的子孙世袭官职。
马士英一听，内心的防线彻底奔溃了，自己那五万兵，就算齐心协力，也打不过左良玉，更何况明帝还分化了他的手下，再怎么挣扎也没用了，于是原本一言不发的他，也开始劝福王朱由崧认命，否则自己也保不了他的小命。
朱由崧众叛亲离，欲哭无泪，没有办法，只好宣布取消监国的称号，做回自己的福王，南明朝廷自行解散。
最终，史可法带领在南京的六部大臣北上辅政，南明归心，大明朝的政权重新初定。
新皇朱慈烺决定成立新禁军，从左良玉、马士英、吴三桂、唐通、白广恩、姜襄等各军营中抽精兵三千，一共六万人，交给吴应熊、何承志、满云龙三兄弟训练，拱卫京师。