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平息了南京朝堂上的党争，吴应熊很快查出了攻击阮大铖的幕后人物，正是东林党的领袖钱谦益。
此时，钱谦益正为自己摆平了江南的商业税问题而沾沾自喜，想要邀功。
吴应熊却并不买账，因为大明的商业税税率很低，三十税一。而且吴应熊在各地专门设置了征收商业税的税务稽查所，明文规定，只要商人足额交税，各地官员不得再有任何刁难；偷税漏税者入狱，没收家产。
商人们专心做生意，付出并没有比以前增加很多，推广起来并不困难。以前只是东林党人阻挠才没收起来。
为了彻底平定江南的党争，吴应熊将阮大铖免职，抄家，得白银上百万两，黄金十万两，全部充当军饷——因为吴应熊很快查清楚了，阮大铖当兵部侍郎后编了《蝗蝻录》（诬东林党为蝗，复社为蝻），据《留都防乱公揭》署名捕杀，黄宗羲等上百人被捕入狱。
为了以示公允，吴应熊将南京因受党争而入狱的数百人全部释放，这其中就包括三十四岁大才子的黄宗羲——崇祯四年，张溥在南京召集“金陵大会”，当时恰好也在南京的黄宗羲经友人周镳介绍参加复社，成为社中活跃人物之一，黄宗羲与万泰、陆符及其弟黄宗炎、黄宗会等还在余姚组织过“梨洲复社”，《留都防乱公揭》他有参与署名，所以被抓。
一时间，江南士子对吴应熊刮目相看，民心大快！
吴应熊趁热打铁，将钱谦益也免职，然后在江南推行新儒家运动——江南繁荣的经济和生产力，已经和传统的儒家思想发生了激烈冲突，必须来一场思想革命，不过，大明现在千疮百孔，内忧外患，路要一步步走，不能从封建社会跑步进入资本主义，必须先打牢思想基础。
吴应熊不想步子迈得太大，所以决定从革新儒家文化开始，他派人在江南贡院贴了相府的“招贤榜”，凡是对儒家思想有新见解的人，都可以到南京的国子监报名，经过吴应熊的选拔，可以进入吴应熊的相府当幕僚，这“招贤榜”还在《新江南日报》上刊登，并特别注明了应征“不问出身，无需功名，不念过往，唯才是举”！
能进入吴应熊的相府当幕僚，在封建社会相当于一步登天，一时间，江南的士子们热血沸腾了，尤其是那些没有考取过功名的，再也不管什么钱谦益和东林党，争相报名。
最后，短短十天，报名的读书人多达一万人。
吴应熊亲自出题，题目就叫《儒家的变迁和未来》，每一位考生的考试时间不限制，要求考生知无不言，言无不尽。
吴应熊亲自带着满云龙等禁军监考，选拔幕僚，在这次考试中，三十四岁的黄宗羲、三十一岁的顾炎武、二十五岁的王夫之、三十三岁的方以智等七十二人脱颖而出，他们的思想，显示出晚明社会的思潮其实已经很进步。
黄宗羲在他的答卷中，提到了税费改革，他称历史上的税费改革不止一次，但每次税费改革后，由于当时社会政治环境的局限性，农民负担在下降一段时间后又涨到一个比改革前更高的水平，“积累莫返之害”。
在文章中，黄宗羲反对大明日益苛重的赋税征收。他说“吾见天下之田赋日增，而后之为民者日困于前”，指出江南的田赋特重，有些田亩将一年的产量“尽输于官，然且不足。”他分析了使人民苦于“暴税”的三害“有积累莫返之害”，指税制每经过一次改革，都导致赋税的进一步加重；“所税非所出之害”，指田赋征银，银非农业生产之所出，纳税者因折银而加重负担；“田土无等第之害”，指不分土地的肥瘠程度按一个标准征税，造成负担不均。
在文中，黄宗羲还提出了具体的赋税主张：第一，“重定天下之赋”，定税的标准应“以下下为则”；第二，征收田赋“必任土所宣，出百谷者赋百谷，出桑麻者赋布帛，以至杂物皆赋其所出”，生产什么缴纳什么，不强求一致；第三，重新丈量土地，按土质优劣计算亩积，分别以240、360、480、600和720步作为五亩，即把土地分为五等，据等征税，消除因土地质量不同而带来的赋税负担不均的问题。
黄宗羲认为，要使民富，还必须“崇本抑末”。所谓“崇本”，即“使小民吉凶，一循于礼；所谓“抑末”，即凡为佛、为巫、为优倡以及奇技淫巧等不切于民用而货者，应“一概痛绝之”。他说：“世儒不察，以工商为末，妄议抑之。夫工固圣王之欲来，商又使其愿出于途者，盖皆本也”。“工商皆本”的思想是对传统的“重本抑末”的大胆否定。
挑灯夜读黄宗羲的文章，吴应熊的心情顿时大好，开心笑了——看来大明还真是人才济济，当即将黄宗羲圈定为招贤榜的榜首！
同在一起阅卷的阿九公主看吴应熊笑了，问道：“吴公子，什么事情这么开心？”
吴应熊道：“为我大明人才济济而高兴啊。钱谦益之流，罢官也就罢了，只是徒有虚名而已。”
黄宗羲的文章激情澎湃，吴应熊手不释卷，继续往下看，黄宗羲的思想还真是先进：在文章中，黄宗羲还专门列出一章谈《学校》。他认为学校中要析讲时事时政，要明是非之理，也要对政府行为有所监督。认为学官需要有较大的权力。学校也应广开言路，成为舆论场所。这种学校议政，参与是非判断的观点在当时非常新颖。黄宗羲认为“学贵履践，经世致用”。黄宗羲还指出，太学的祭酒，应择当世大儒充当，其地位应与宰相相等，每年初一，天子与宰相、六卿、谏议等都得前往太学。祭酒南面讲学，天子亦就弟子之列。政有缺失，祭酒直言无讳。郡县的学官，也由名儒主之。每月的初一、十五，大会一邑之缙绅、士子；郡县官亦须前往听学官讲学，而且执弟子之礼。
另外，黄宗羲还在文中提出要“限制君权”，他在文中说，人类设立君主的本来目的，“使天下受其利”、“使天下释其害”，也就是说，产生君主，是要君主负担起抑私利、兴公利的责任。君主只是天下的公仆而已，“古者以天下为主，君为客，凡君之毕世而经营者，为天下也”。然而，后来的君主却“以为天下利害之权益出于我，我以天下之利尽归于己，以天下之害尽归于人”，并且更“使天下之人不敢自私，不敢自利，以我之大私，为天下之大公”，而不是视天下为莫大之产业，传之子孙，受享无穷，对君主“家天下”的行为从根本上否定了其合法性。
“这黄宗羲真是胆子大，看来经受过牢狱之苦，也并不是什么坏事，将生死看得透了，竟敢提出限制君权。”吴应熊笑着对阿九公主说。
“还有这样的狂生？”阿九公主接过黄宗羲的文章，一看，黄宗羲认为要限制君主的权力，首先得明辨君臣之间的关系。他认为“原夫作君之意，所以治天下也。天下不能一人而治，则设官以治之。是官者，分身之君也。”
黄宗羲说“臣之与君，名异而实同”，都是共同治理天下的人。因此，君主就不应该高高在上，处处独尊的地位。否则就该逊位让贤，而不应“鳃鳃然唯恐后之有天下者不出于其子孙”。至于为臣者，应该明确自己是君之师友，而不是其仆妾，“我之出而仕也，为天下，非为君也；为万民，非为一姓也。”如果认为臣是为君而设的，只“以君一身一姓起见”，“视天下人民为人君囊中之私物”，自己的职责只在于给君主当好看家狗，而置“斯民之水火”于不顾，那么，这样的人即使“能辅君而兴，从君而亡，其于臣道固未尝不背也”，同样是不值得肯定的。因为“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。”这就是黄宗羲的君臣观。它对传统的“君为臣纲”，“君要臣死，臣不得不死”的封建纲常，否定掉了。
“这样的人，如果在先朝，恐怕早死了一百遍了。父皇不会容下他。”阿九公主说。
“是啊，光是设立宰相这一条，就够他掉脑袋了，真想立即召见此人！”吴应熊说，黄宗羲提出的限制君权的另一主张就是设立宰相，他认为：“有明之无善政，自皇帝罢丞相始也。”
黄宗羲认为明朝废除宰相后设立的内阁大学士，其职责只是备顾问以及根据皇帝的意旨批答章奏，内阁没有僚属，没有力事机构，其事权很轻，根本不能与昔日的宰相相提并论，内阁既无实权，而天子又不能或不愿处理政事，于是就依靠一群凶残的宫奴（阉党）来进行统治，这就出现了明代为害至深且巨的宦官专权。
“他说得确实有道理，皇兄任命你当了宰相，现在大明一派中兴之象。不过，他是有先见之明还是阿谀奉承？”阿九公主笑着问吴应熊。