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吴应熊做好了武力收拾武昌的准备，不过，事情的发展比他预想的要好得多：左梦庚根本没有对抗朝廷的勇气。
吴应熊的大军一到，左梦庚就带领武昌的文武百官开城投降，连军权都交了。
吴应熊也既往不咎，将明帝的圣旨交给左梦庚，朝廷仍然让左梦庚继承了宁南伯的爵位，统领武昌军政大权。
但是，吴应熊裁撤了湖北的军马，将八十万人裁军到十万人，其余人回家种田。
处理完湖北的军务大事，吴应熊让郑成功率水师回泉州，和郑芝龙商量收复台湾的事。
十天后，泉州安南伯府，郑家的祖宅。
“孩儿拜见父亲！”郑成功回到安南伯府，郑芝龙和郑芝凤早已在郑府门口等候郑成功的归来。
“森儿快快起来。”看着俊朗非凡的长子，郑芝龙大笑着将其扶了起来：“让为父看看，森儿长大了不少，身上有名将风采！”对于这个郑森长子，郑芝龙一直都是寄予厚望的，当然，长子也从未让他失望过。
郑成功跪下给郑芝龙等行礼问安，然后将吴应熊给郑芝龙的信交给他的父亲和几位叔父，商量朝廷收复台湾的事。
“大哥，你打算收复台湾么？鹬蚌相争，渔翁得利呀。这个安南王，恐怕没这么好当呀。”郑芝龙的四弟郑芝凤问道。
当时的台湾只不过是一个荒凉落后之地，因而一直以来并不受到明朝政府的重视。
从永乐时期开始，台湾虽然名义上是大明的领土，但实际上大明也只在台北设了一个县，并且一直以来都甚少管理，有时甚至十数年不派官员换任，台湾一直以来都是游离在大明统治的边缘，几乎名存实亡。
早前，郑芝龙等许多大海盗早期便曾以台湾为根基。
郑家退出台湾，回去经营泉州，荷兰人占据台湾，那时正值崇祯初年陕西等数省大旱，各地流民四起，朝廷无暇顾及，之后大明内乱不断，便一直任由荷兰人占据到1645年。
郑芝龙能做到今天雄霸南洋的地步，眼光和智慧还是有的，说：“吴应熊这个丞相不简单。森儿立下大功，当了南京水师提督，还和他义结金兰。朝廷若真有意动我们郑家，就不会让森儿掌管水师；再说我们郑家也不是案板上的鱼肉，大明还得仰仗我们郑家守卫海疆呢！”
“大哥说的是，你做决定吧，我听你的号令。”郑鸿逵想了想，说。
郑成功道：“朝廷也说，父亲为我大明镇守海疆十数年，抵御倭寇侵袭，实乃劳苦功高！如今郑家水师的人数已经超过十万，大小战船三千余艘……”
“森儿，我们正准备跟荷兰人签订合约，放他们自由进出台湾。近几年，郑家跟荷兰人数次大战，虽然每次都以郑家胜利而告终，但也令郑家舰队损失巨大，此次若能跟荷兰人签到合约，对郑家也是极为有利的，不仅能避免再一次大战，最主要的是荷兰人愿意每进出一艘船只便向郑家缴纳一定的金银，荷兰人每年能进贡12万法郎，郑家没必要咄咄相逼。”郑芝龙说。
“父亲，孩儿认为此举不妥。荷兰人在台湾的势力，我们能摆平，还不至于到伤筋动骨的地步吧。”郑成功道。
“为何？”郑芝龙问道。
“丞相说，台湾乃是大明的领土，原先因为大明无暇顾及才让荷兰人有了可趁之机，现在是时候出兵将荷兰人驱逐！”郑森道：“武力收回台湾，乃是大势所趋，所以才不惜封父亲为王。”
“若真是如此，为父可真要考虑了。郑家毕竟世受朝廷恩惠。”郑芝龙道。
“父亲英明！”郑成功笑道：“若有一日收复台湾，孩儿愿意当马前卒，为父亲当先锋！”
郑芝龙听了这话，眉头一皱。要知道他们郑家虽然明面上投靠大明，但心里还是以郑家的发展为首要任务的，微微沉默了一会后，郑芝龙突然对着郑森说道：“森儿，你在家书中说你喜欢一个女子，她是哪家姑娘？”
“她乃是丞相的义妹。”郑成功脸红了，道，“这一次，丞相还送给我们十门新一代的火炮，重两千斤，装有反后坐力装置装置，射程超过五千米，威力也是红衣大炮的两倍多，远超过荷兰人的装备。”
“啊？大明的火炮这么先进了？”郑芝龙大为惊讶，看来这吴应熊真是不简单。如此先进的大炮，郑芝龙很清楚意味着什么，一旦舰队真个装备上几十艘那样的战船，大明海军不仅可以横扫南洋，打败荷兰人！
1645年，西班牙的无敌舰队已经覆灭，荷兰真正脱离西班牙人的统治成立自己的共和国，自此，荷兰越来越强大，最终靠着强大的海运商贸获得“海上马车夫”的称号！荷兰舰队的强大，就算英法和葡萄牙也略逊一筹，不过大明这个东方帝国过于庞大和神秘令他们极为忌惮，大明水师毕竟曾经数次收拾荷兰人。郑和船队完整地展示了明帝国的实力，当时南洋、西洋诸国看到它的身影，无不显示出对明帝国富裕、强大的向往。
尤其是1633年7月，荷兰台湾总督普特曼斯率领十三艘荷兰战舰，以突然袭击的方式对明朝沿海发起了进攻。荷兰人提出中国方面立即停止同西班牙、葡萄牙等国的贸易，只能与荷兰人单独贸易，否则将继续开战，此无理要求遭到明朝拒绝，参战的荷兰舰队9艘以及荷兰招揽的50多艘海盗舰队全军覆没。料罗湾海战是荷兰人在远东空前的惨败，郑芝龙的水师最终夺取了从日本到南海的全部东亚制海权，当时凡航行在东亚地区的船只，都必须花钱购买郑芝龙的令旗，否则将被抢劫。从此荷兰人每年向明朝船队缴纳12万法郎的进贡，才可以保证在远东水域的安全。这对当时欧洲的海上马车夫荷兰来说，无疑是一种羞辱。
其实，吴应熊的想法，远不只是收复台湾。只要大明海军两大舰队把荷兰人的远东舰队全数歼灭，那么大明不仅可以收复台湾，连同荷兰在南洋的所有殖民地都可以收入囊中！
当时，荷兰东印度公司的台湾长官为揆一，驻守热兰遮城，另有地方官猫难实叮驻守普罗民遮城。自1644年前后，随着大明情势动荡，荷兰东印度公司一直关注事态发展是否会影响公司的贸易乃至在台湾的地位。对此公司的最高决策机构十七人董事会曾决议，即便在太平时期，也须维持1200人以上的士兵保护公司在台湾的财产，但事实上并未执行。
当郑成功率水师回到泉州，台湾便盛传郑家即将前来攻打的风声。荷兰人发现当地华商陆续将财产转移到大陆，同时前来贸易的华船急遽减少，于是召集华商打听消息，最后判断郑家将在1646年3月底出兵台湾。
荷兰最高长官揆一紧急备战，要求各地加强侦察与武装，不准华人在普罗民遮城贩卖粮食，所有华人头家仕绅软禁在热兰遮城中以免通敌。田间未及收割的稻谷一律焚毁，共焚毁8000袋之多，并造成华人伤亡。
揆一同时向巴达维亚城的总督报告，请求援军。巴达维亚总督派遣外号“固执约翰”的司令官范德兰率领12艘船只组成的舰队，载运1453人前往台湾。
巴达维亚城总督并指示范德兰，若郑成功未如情报显示来袭，则为了弥补财务损失，舰队攻打澳门。
范德兰并不认为郑成功会前来攻打台湾，抵台不久便坚持要去攻打澳门，与大员方面官员爆发数次激烈争执。
1646年阴历二月，郑成功率领众将士在金门“祭天”“礼地”“祭江”，举行隆重的誓师仪式。一切准备就绪，船舰将士集结于料罗湾，候风进发。
郑成功亲率水师将士三万、战船三百艘自金门料罗湾放洋，向东挺进，开始武力收复台湾。