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在海战中击败荷兰人，郑成功开始率军向台湾内陆挺进。
虽然驻守赤嵌城堡的荷兰人只有三四十门火炮，但它们安装在赤嵌城的最高处，可以俯视海平面，而且还不同于一般的战船大炮，这些火炮属于荷兰当时最先进的“要塞炮”，重达三千五百多斤，射程可以达到三千米！
荷兰军队凭借三十门要塞炮三千米的射程和据高的位置优势，坚守不出！
郑成功随即加紧对赤嵌城的包围和进攻。但该城周围45丈，高3丈6尺，城墙上有4座炮楼。
四月三日，明军的士兵在赤嵌城外抓到了荷兰守将描难实叮的弟弟和弟媳。
郑成功对他们讲明利害，令其回城，劝说荷兰守将描难实叮投降。接着，又派部将杨朝栋和翻译吴迈、李仲前往劝降，表示绝对不会加害他们，并允许荷兰人带走自己的财产。
但荷兰人并不死心，凭借强大的火炮负隅顽抗。郑成功指挥大军攻城，一连三日，还没有攻下，还伤亡不小。
这时，有个当地人跑出城，给郑成功出了一个主意说：“赤嵌城的水都是从城外高地流下来的，只要切断水源，敌人就不战自乱。”
“好办法，重重有赏！”郑成功照这个办法做了。
四月四日，赤嵌城的水源被明军切断。描难实叮见援兵无望，城内的人没有水喝了，孤城难守，不得不挂白旗投降。
这样，郑成功的水师在登陆后第四天，就收复了赤嵌城。
描难实叮投降后，奉郑成功之命前往台湾城劝荷兰驻守台湾城的总督揆一无条件投降，遭到揆一拒绝。
郑成功与诸将分析形势，认为不给侵略者以迎头痛击，敌人是不肯投降的，于是命令军队从鲲南端登陆，“移扎鲲山即一鲲，候令进攻台湾城”。
台湾城是荷兰殖民者在台湾的统治中心，城堡坚固，防御设施完整。城周长200多丈，高3丈多，分3层，下层深入地下1丈多，“城垣用糖水调灰垒砖，坚于石”。城四隅向外突出，置炮数十尊。
揆一觉得荷军炮火密集，射程远，封锁了台湾城周围的每条通道，城内荷军尚有870人，凭借城堡继续顽抗等待援助军没问题。
但是赤嵌城被明军占领之后，台湾城已是一座孤城，城内缺粮、缺水，荷军处境十分困难；加之当时南信风季节刚刚开始，防守更加困难。
郑成功迫降赤嵌城后，为了牵制台湾城荷军，即派兵前往七鲲设伏。
荷军行至七鲲时，还没来得及列阵对垒，即被明军埋伏的藤牌军冲垮，死伤过半，其余士卒狼狈退回台湾城。
郑成功立即命令士兵立栅栏、设炮台，加强对七鲲的防守，同时令杨英、何廷斌以粟6000石、糖3000石补给军队。
自四月初以来，双方一直进行着零星战斗。
郑成功一方面积极准备攻城，一方面于四月十二日和二十二日，两次写信给揆一，令其投降。
荷兰人并不打算轻易放弃台湾。
吴应熊听说后，又给郑成功的军队调集30门新式大炮。
郑成功的军队如虎添翼，于二十四日凌晨摧毁了台湾城大部分胸墙。
“为了我们伟大的荷兰女王，还击！”在揆一的指挥下，荷军于城上集中枪炮还击，并出城抢夺明军大炮，被明军弓箭手击退。
“还真是一块难啃的骨头！哼，看你们能坚持多久！”郑成功鉴于台湾城城池坚固，强攻一时难以得手，为了减少伤亡，进一步做好准备，决定采既“围困俟其自降”的方针。
吴应熊同意郑成功的围城战略，并让他安心全权指挥对荷兰人的战斗！
郑成功请他的父亲郑芝龙派军事船队封锁了台湾海峡。然后，他一方面派遣提督马信率兵扎营台湾街围困荷军，一方面把各镇兵力分驻各地屯垦。
同时，郑成功还到高山族人民聚居的四大社进行巡视，受到当地人民的热烈欢迎。
接着，吴应熊还派满云龙率6000新禁军乘战船20艘抵达台湾，援助郑成功，还带去了大量粮食和弹药。
明军的兵力得到加强，供给得到补充后，从五月五日开始，在所有通向城堡的街道上都筑起防栅，并挖了一条很宽的壕沟，围困荷军。
“这是你们最后的机会！”郑成功又写信劝揆一投降。
揆一仍幻想巴达维亚的荷兰人会派兵增援，拒绝投降。
五月二十八日，荷兰殖民当局得到荷军在赤嵌城战败和台湾城被围的消息后，匆忙拼凑了700名士兵、10艘军舰，由雅科布·考乌率领，经过38天航行，于七月十八日到达台湾海面。他们见明军的战船阵容雄壮，踌躇不前，加之风浪很大，在海上停留了将近一个月之后，才有5艘战船在台湾城附近海面碇泊，其中“厄克”号触礁沉没，船上士兵被明军俘虏。
郑成功从俘虏口中得知荷兰援军兵力情况后，加紧进行围城和打援部署。
七月二十一日，驻台湾荷军当局决定：用增援的舰船和士兵，把明军逐出台湾城市区，并击毁停泊在赤嵌城附近航道上的明军船只，以摆脱被围困境。
于是，荷军分水、陆两路向明军发起进攻。海上，荷舰企图迂回明军侧后，焚烧船只，反被明军包围。
“开炮！”郑水军隐蔽岸边，当敌舰闯入埋伏圈后，立即万炮齐发。
经过一小时激战，击毁荷舰两艘，俘获小艇三艘，使荷兰援军损失了一个艇长，一个尉官，一个护旗军曹和128名士兵，另有一些人负伤。
荷军其余舰船逃往巴达维亚，郑芝龙也没有派战舰追击。
陆上，荷军的进攻，同样遭到失败，死伤人数众多，此后，荷军再也不敢轻易与明军交战。
台湾城的荷军被围数月，军粮得不到补给，因而士气低落，不愿再战。
十月，揆一为了挽救行将灭亡的命运，派雅科布·考乌率领漂泊在海上的3艘战舰、2只小艇前去攻袭厦门，企图让大明水师撤退。
考乌不是傻子，他知道郑家海军的实力，他这几只小船，去福建只会送死，他心存畏惧，中途转舵驶往暹罗（今泰国），以后又逃回巴达维亚。
于是，荷军的企图完全落空了，士气更加低落，不少士兵力求活命，陆续向明军投降。
郑成功从俘虏中了解到荷军的上述情况后，决定把对荷军的封锁战术转为进攻，在对方从巴达维亚获得救兵之前，向热兰遮城堡的荷军发起猛烈攻击。
为此，明军增建了三座炮台，挖了许多壕沟，以遏制荷军的炮台。
1646年农历一月二十五日清晨，郑成功下令炮轰乌特利支圆堡。
在两个小时内，明军发射炮弹2500发，在该堡南部打开了一个缺口，当天，明军一拥而上，即占领了该堡。
明军居高临下，立即利用此堡改建炮台，向台湾城猛烈轰击。
荷军团守孤城，岌岌可危，揆一在城上督战，看到城防已被突破，手足无措。在这种情况下，郑成功派通事李仲入城劝降。
李仲对揆一说：“此地非尔所有，乃前太师练兵之所。今藩主前来，是复其故土。此处离尔国遥远，安能久乎？藩主动柔远之念，不忍加害，开尔一面：凡仓库不许擅用；其余尔等珍宝珠银私积，悉听载归。如若执迷不悟，明日环山海，悉有油薪磺柴积垒齐攻。船毁城破，悔之莫及。”
荷兰殖民评议会召开紧急会议，讨论形势及对策。台湾城被围已近9个月，荷军死伤1600余人，能参加战斗的士兵仅剩600百余人，且已弹尽粮绝，疾疫流行，形势已完全绝望。评议会认为：“如果继续战斗下去，可怕的命运将降临到每一个人头上，而这样坚持，对公司也没有什么好处。”
揆一走投无路，只得同意由评议会出面同郑成功谈判。经过会谈，揆一“愿罢兵约降，请乞归国”。
不久，荷兰驻台湾长官揆一签字投降。荷军交出了所有城堡、武器、物资，包括伤病员在内的约900名荷兰军民，最后由揆一率领，乘船带领荷兰人撤离台湾。
台湾光复的消息传到京城。对此，明朝的文武百官和老百姓们倒没太多关注，毕竟在他们的认知当中，此时的台湾跟一个荒岛没有多少区别，但吴应熊不一样，他知道台湾值得大明开发，以台湾为海军基地，征服南洋和日本就要容易得多。
荷兰人投降，台湾提前回到中国的怀抱，吴应熊高瞻远瞩，立即让明帝下旨，从福建和江浙一带移民一百万人去开垦台湾，并在台湾实行了类似西北的土地改革，还在台湾驻军五千人，台湾从此成为中国不可分割的领土。
并且，吴应熊兑现了自己的承诺，让明帝封郑芝龙为安南王，还大力褒奖郑成功的战绩，赐他姓朱，外称“国姓爷”。